应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 时间步长设置，截断半径设置
51/1返回列表
查看: 4884  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

huangshuang1

木虫 (著名写手)

[求助] 时间步长设置，截断半径设置

本人最近投了一篇稿子,是涉及MS分子模拟的，有两个地方不知道怎么回答，请各位大神帮忙帮忙。
1）MS模拟中的时间尺度和空间尺度应该给出具体的说明,特别是时间尺度应该给出数学表达式，根据实验参数估算出时间步长。直接说时间步长1.0fs，缺少说服力。
2）在模拟中，静电相互作用是长程相互作用，截断半径为9.5Å是否合理？
     我该如何回答，拜托各位。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子模拟

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-07-02 18:24:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

magaohong

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

L-J势能函数里有一个σ，设置的截断半径很多是2.5σ
赞一下 回复此楼
6楼2013-11-05 21:38:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
huangshuang1: 金币+10, ★★★很有帮助, 你能详细说说截断半径的确定方法么 2013-07-02 20:54:48
时间步长设置可以参考《分子模拟的理论与实践》这本书 里面有讲通过振动频率来设置步长的

截断半径是根据周期性边界条件的盒子尺寸确定的
赞一下(1人) 回复此楼
壁立万仞，无欲则刚
2楼2013-07-02 18:31:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
huangshuang1: 金币+10, ★★★很有帮助, 我的力场选的PCFF 也不知道怎么确定截断半径 2013-07-03 09:12:36
截断半径的设置是为了减少计算量，一般在截断半径那，认为力为零，所以你可以根据你的势场确定一下截断半径
赞一下 回复此楼
壁立万仞，无欲则刚
3楼2013-07-03 08:33:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

broken1999

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
huangshuang1: 金币+10, ★★★很有帮助, 我看很多文献上截断半径是9.5，所以就写了，现在也讲不清楚原因，比较郁闷 2013-07-03 09:10:53
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-07-04 20:04:45
我记得基本教程里有一句话“时间步长应为振动周期的十分之一”

截断半径我师兄说一般设在15左右，你可以自己做一下比较，对此一下不同截断半径下的时间消耗和精确度的差别

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
4楼2013-07-03 08:55:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭