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huangshuang1

木虫 (著名写手)

[求助] 时间步长设置,截断半径设置

本人最近投了一篇稿子,是涉及MS分子模拟的,有两个地方不知道怎么回答,请各位大神帮忙帮忙。
1)MS模拟中的时间尺度和空间尺度应该给出具体的说明,特别是时间尺度应该给出数学表达式,根据实验参数估算出时间步长。直接说时间步长1.0fs,缺少说服力。
2)在模拟中,静电相互作用是长程相互作用,截断半径为9.5Å是否合理?
     我该如何回答,拜托各位。
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

一般而言我们设定的时间步长都是要考虑最快的振动周期的,比方说考虑水分子的O-H键,一般周期为9fs,为了计算精度的正确,需要将其分为10个时间间隔,也就是0.9个fs,但是为了提高计算效率,如果是固定了O-H键,就可以考虑步长超过0.9fs,甚至是超过1fs。
截断半径的设置一般要根据你体系的周期性大小来定,取值一般为1-1.4nm。
gromacs
7楼2013-11-05 22:55:49
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chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
huangshuang1: 金币+10, ★★★很有帮助, 你能详细说说截断半径的确定方法么 2013-07-02 20:54:48
时间步长设置可以参考《分子模拟的理论与实践》这本书 里面有讲通过振动频率来设置步长的

截断半径是根据周期性边界条件的盒子尺寸确定的
壁立万仞,无欲则刚
2楼2013-07-02 18:31:31
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chaizhm

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
huangshuang1: 金币+10, ★★★很有帮助, 我的力场选的PCFF 也不知道怎么确定截断半径 2013-07-03 09:12:36
截断半径的设置是为了减少计算量,一般在截断半径那,认为力为零,所以你可以根据你的势场确定一下截断半径
壁立万仞,无欲则刚
3楼2013-07-03 08:33:26
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broken1999

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
huangshuang1: 金币+10, ★★★很有帮助, 我看很多文献上截断半径是9.5,所以就写了,现在也讲不清楚原因,比较郁闷 2013-07-03 09:10:53
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-07-04 20:04:45
我记得基本教程里有一句话“时间步长应为振动周期的十分之一”

截断半径我师兄说一般设在15左右,你可以自己做一下比较,对此一下不同截断半径下的时间消耗和精确度的差别

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2013-07-03 08:55:03
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