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zx1990

金虫 (小有名气)

[求助] 分子克隆

请问测序公司反馈回来的序列,在你自己找到前后引物得到自己的序列之后,还要经过哪些详细过程,才能建成系统发育树,这个过程中分别是要保存成什么格式的文档?我还想知道.fasta格式的文件是起什么作用的?
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137167741

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zx1990 at 2013-06-22 09:01:16
嗯嗯,谢谢,第一次得到这么详细额回复哎。我还有一个问题咧,我送出测序的样品有63株,现在我要合并一下相似度高于95%的序列,不知道有没有什么软件或是网站可以帮我归类,不用自己去手动挑出来。因为我没有做到酶 ...

第一、直接用一些多序列比对的软件比对一下,导出序列同源性(相似性)的值,手动筛选一下就行了。
第二、构建进化树,不需要合并这些相似序列,相似的会在构建进化树的时候,自动归为一类了。
实验顺利~~~

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

总有一天我要修改用户名。
4楼2013-06-29 17:31:38
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137167741

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+5, 鼓励发帖应助! 2013-06-21 21:00:51
第一、找到前后引物得到自己的序列,是为了确定你序列的正确性;
第二、一般来讲,构建系统发育树需要你对所获得的序列做碱基饱和性测验,而现在大家都不怎么重视这一步,直接用软件来建树。
第三、对于不擅长建树的同学或者MM来说,MEGA这个软件是比较适合你的了,现在这个软件已经更新到5.2版本了,免费的哦,提供邮箱,就可以下载了。
第四、构建进化树,需要你对所获得的多条序列进行比对,保存之后,再选择合适的建树方法,比如NJ什么的(常用NJ)。
第五、fasta文件是一种文件标准,使用这种格式,一般来说利于软件识别序列,特别是一个含有多序列的文件。
第六、如果你看完这些还不会的话,可以百度搜索“如何使用MEGA构建进化树”之类的。
第七、如果还不会,可以站内联系我,呵呵,我还是比较乐意帮助妹子同学的
希望可以帮助你,实验顺利哦~~
总有一天我要修改用户名。
2楼2013-06-21 20:47:23
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zx1990

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 137167741 at 2013-06-21 20:47:23
第一、找到前后引物得到自己的序列,是为了确定你序列的正确性;
第二、一般来讲,构建系统发育树需要你对所获得的序列做碱基饱和性测验,而现在大家都不怎么重视这一步,直接用软件来建树。
第三、对于不擅长建树 ...

嗯嗯,谢谢,第一次得到这么详细额回复哎。我还有一个问题咧,我送出测序的样品有63株,现在我要合并一下相似度高于95%的序列,不知道有没有什么软件或是网站可以帮我归类,不用自己去手动挑出来。因为我没有做到酶切这一步,直接阳性验证之后就送测序了。
3楼2013-06-22 09:01:16
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zx1990

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 137167741 at 2013-06-29 17:31:38
第一、直接用一些多序列比对的软件比对一下,导出序列同源性(相似性)的值,手动筛选一下就行了。
第二、构建进化树,不需要合并这些相似序列,相似的会在构建进化树的时候,自动归为一类了。
实验顺利~~~...

多谢
5楼2013-06-30 11:46:33
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