24小时热门版块排行榜    

查看: 568  |  回复: 4

zx1990

金虫 (小有名气)

[求助] 分子克隆

请问测序公司反馈回来的序列,在你自己找到前后引物得到自己的序列之后,还要经过哪些详细过程,才能建成系统发育树,这个过程中分别是要保存成什么格式的文档?我还想知道.fasta格式的文件是起什么作用的?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

137167741

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+5, 鼓励发帖应助! 2013-06-21 21:00:51
第一、找到前后引物得到自己的序列,是为了确定你序列的正确性;
第二、一般来讲,构建系统发育树需要你对所获得的序列做碱基饱和性测验,而现在大家都不怎么重视这一步,直接用软件来建树。
第三、对于不擅长建树的同学或者MM来说,MEGA这个软件是比较适合你的了,现在这个软件已经更新到5.2版本了,免费的哦,提供邮箱,就可以下载了。
第四、构建进化树,需要你对所获得的多条序列进行比对,保存之后,再选择合适的建树方法,比如NJ什么的(常用NJ)。
第五、fasta文件是一种文件标准,使用这种格式,一般来说利于软件识别序列,特别是一个含有多序列的文件。
第六、如果你看完这些还不会的话,可以百度搜索“如何使用MEGA构建进化树”之类的。
第七、如果还不会,可以站内联系我,呵呵,我还是比较乐意帮助妹子同学的
希望可以帮助你,实验顺利哦~~
总有一天我要修改用户名。
2楼2013-06-21 20:47:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zx1990

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 137167741 at 2013-06-21 20:47:23
第一、找到前后引物得到自己的序列,是为了确定你序列的正确性;
第二、一般来讲,构建系统发育树需要你对所获得的序列做碱基饱和性测验,而现在大家都不怎么重视这一步,直接用软件来建树。
第三、对于不擅长建树 ...

嗯嗯,谢谢,第一次得到这么详细额回复哎。我还有一个问题咧,我送出测序的样品有63株,现在我要合并一下相似度高于95%的序列,不知道有没有什么软件或是网站可以帮我归类,不用自己去手动挑出来。因为我没有做到酶切这一步,直接阳性验证之后就送测序了。
3楼2013-06-22 09:01:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

137167741

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zx1990 at 2013-06-22 09:01:16
嗯嗯,谢谢,第一次得到这么详细额回复哎。我还有一个问题咧,我送出测序的样品有63株,现在我要合并一下相似度高于95%的序列,不知道有没有什么软件或是网站可以帮我归类,不用自己去手动挑出来。因为我没有做到酶 ...

第一、直接用一些多序列比对的软件比对一下,导出序列同源性(相似性)的值,手动筛选一下就行了。
第二、构建进化树,不需要合并这些相似序列,相似的会在构建进化树的时候,自动归为一类了。
实验顺利~~~

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

总有一天我要修改用户名。
4楼2013-06-29 17:31:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zx1990

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 137167741 at 2013-06-29 17:31:38
第一、直接用一些多序列比对的软件比对一下,导出序列同源性(相似性)的值,手动筛选一下就行了。
第二、构建进化树,不需要合并这些相似序列,相似的会在构建进化树的时候,自动归为一类了。
实验顺利~~~...

多谢
5楼2013-06-30 11:46:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zx1990 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 5/250 2026-08-30 19:23 by hZiFeudZyoGR
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-30 19:07 by xiangy672
[论文投稿] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 5/250 2026-08-30 19:01 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 5/250 2026-08-30 18:51 by hZiFeudZyoGR
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 5/250 2026-08-30 18:40 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 18:17 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-30 17:56 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 7/350 2026-08-30 17:45 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +7 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 11/550 2026-08-30 17:34 by hZiFeudZyoGR
[基金申请] 面上意见出来了 +9 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 18/900 2026-08-30 16:47 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +6 gdd2018 2026-08-28 11/550 2026-08-30 08:58 by 超级无敌华子
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
信息提示
请填处理意见