24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 514  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

zx1990

金虫 (小有名气)

[求助] 分子克隆

请问测序公司反馈回来的序列,在你自己找到前后引物得到自己的序列之后,还要经过哪些详细过程,才能建成系统发育树,这个过程中分别是要保存成什么格式的文档?我还想知道.fasta格式的文件是起什么作用的?
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zx1990

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 137167741 at 2013-06-21 20:47:23
第一、找到前后引物得到自己的序列,是为了确定你序列的正确性;
第二、一般来讲,构建系统发育树需要你对所获得的序列做碱基饱和性测验,而现在大家都不怎么重视这一步,直接用软件来建树。
第三、对于不擅长建树 ...

嗯嗯,谢谢,第一次得到这么详细额回复哎。我还有一个问题咧,我送出测序的样品有63株,现在我要合并一下相似度高于95%的序列,不知道有没有什么软件或是网站可以帮我归类,不用自己去手动挑出来。因为我没有做到酶切这一步,直接阳性验证之后就送测序了。
3楼2013-06-22 09:01:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

137167741

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking: 金币+5, 鼓励发帖应助! 2013-06-21 21:00:51
第一、找到前后引物得到自己的序列,是为了确定你序列的正确性;
第二、一般来讲,构建系统发育树需要你对所获得的序列做碱基饱和性测验,而现在大家都不怎么重视这一步,直接用软件来建树。
第三、对于不擅长建树的同学或者MM来说,MEGA这个软件是比较适合你的了,现在这个软件已经更新到5.2版本了,免费的哦,提供邮箱,就可以下载了。
第四、构建进化树,需要你对所获得的多条序列进行比对,保存之后,再选择合适的建树方法,比如NJ什么的(常用NJ)。
第五、fasta文件是一种文件标准,使用这种格式,一般来说利于软件识别序列,特别是一个含有多序列的文件。
第六、如果你看完这些还不会的话,可以百度搜索“如何使用MEGA构建进化树”之类的。
第七、如果还不会,可以站内联系我,呵呵,我还是比较乐意帮助妹子同学的
希望可以帮助你,实验顺利哦~~
总有一天我要修改用户名。
2楼2013-06-21 20:47:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

137167741

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zx1990 at 2013-06-22 09:01:16
嗯嗯,谢谢,第一次得到这么详细额回复哎。我还有一个问题咧,我送出测序的样品有63株,现在我要合并一下相似度高于95%的序列,不知道有没有什么软件或是网站可以帮我归类,不用自己去手动挑出来。因为我没有做到酶 ...

第一、直接用一些多序列比对的软件比对一下,导出序列同源性(相似性)的值,手动筛选一下就行了。
第二、构建进化树,不需要合并这些相似序列,相似的会在构建进化树的时候,自动归为一类了。
实验顺利~~~

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

总有一天我要修改用户名。
4楼2013-06-29 17:31:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zx1990

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 137167741 at 2013-06-29 17:31:38
第一、直接用一些多序列比对的软件比对一下,导出序列同源性(相似性)的值,手动筛选一下就行了。
第二、构建进化树,不需要合并这些相似序列,相似的会在构建进化树的时候,自动归为一类了。
实验顺利~~~...

多谢
5楼2013-06-30 11:46:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 复试调剂 +3 asdasdassda 2026-04-05 3/150 2026-04-05 17:26 by zhousanduo
[考研] 313求调剂 +5 海日海日 2026-04-04 7/350 2026-04-05 13:58 by imissbao
[考研] 求调剂 +11 111623 2026-04-04 11/550 2026-04-05 11:38 by lqwchd
[考研] 找调剂 +7 楚乔乔 2026-04-01 7/350 2026-04-05 09:07 by dick_runner
[考研] 一志愿南农090401,268,求调剂 +5 一木鸟然 2026-04-04 5/250 2026-04-04 17:07 by babysonlkd
[考研] 293分求调剂,外语为俄语 +6 加一一九 2026-03-31 6/300 2026-04-04 14:57 by 聪明的大松鼠
[考研] 考研调剂 +4 zybz冲冲冲 2026-04-03 6/300 2026-04-04 13:08 by zybz冲冲冲
[考研] 334求调剂 +8 曾仰之 2026-04-03 8/400 2026-04-04 11:16 by w_xuqing
[考研] 281求调剂 +10 aaawhy 2026-04-03 10/500 2026-04-03 21:42 by lbsjt
[考研] 求调剂 +4 压力??大 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:36 by 啵啵啵0119
[考研] 285求调剂 +6 FZAC123 2026-03-30 6/300 2026-04-03 12:22 by xingguangj
[考研] 338求调剂,一志愿能源动力,外语是日语203 +5 zzz,,r 2026-04-02 5/250 2026-04-03 09:45 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿北京科技大学085601材料工程英一数二初试总分335求调剂 +9 双马尾痞老板2 2026-04-01 9/450 2026-04-02 12:14 by oooqiao
[考研] 279求调剂 +6 学而思兮知 2026-04-01 6/300 2026-04-02 09:16 by vgtyfty
[考研] 求调剂,一志愿南京师范大学计算机专硕,初试373,六级通过, +3 计算机追梦人 2026-04-01 3/150 2026-04-02 07:57 by fxue1114
[考研] 085600,320分求调剂 +5 大馋小子 2026-04-01 6/300 2026-04-01 19:40 by 唐沐儿
[考研] 085600 一志愿9 总分351 求调剂学校 +7 czhcz 2026-03-31 9/450 2026-04-01 19:24 by 无际的草原
[考研] 0703一志愿南师大334求调剂 +4 seven7yu 2026-03-30 4/200 2026-04-01 16:10 by oooqiao
[考研] 262求调剂 +9 励志一定发文章 2026-03-31 10/500 2026-04-01 12:22 by sunshine0013
[考研] 求0861交通运输专硕or材料专硕调剂 +4 勒布朗@ 2026-03-31 4/200 2026-04-01 09:54 by 一只好果子?
信息提示
请填处理意见