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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs继续算，想保存当前的速度信息
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mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] gromacs继续算，想保存当前的速度信息

gromacs跑MD，一开始设定跑10 ns，停下来之后如果想接着再跑10 ns，想保留10 ns处的速度信息，是不是只需把mdp文件里的gen_vel参数改为no就行了？
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奋斗中的小木虫
1楼 2013-06-08 13:51:39
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spirte雷

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-14 09:56:14
jiaoyixiong: 应助指数+1 2013-06-14 09:56:57
gromacs有续跑的命令，是直接从你要你上一个时间开始，续跑完将续跑的和之前的合并就可以了。没太明白你说的保留10ns处的速度？……
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2楼2013-06-14 09:27:20
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mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by spirte雷 at 2013-06-14 09:27:20
gromacs有续跑的命令，是直接从你要你上一个时间开始，续跑完将续跑的和之前的合并就可以了。没太明白你说的保留10ns处的速度？……

那你继续跑的时候，速度是沿袭上一步的速度，还是重新速度分布？
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奋斗中的小木虫
3楼2013-06-14 09:50:11
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spirte雷

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by mengsk at 2013-06-14 09:50:11
那你继续跑的时候，速度是沿袭上一步的速度，还是重新速度分布？...

延续上一步的速度
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4楼2013-06-14 14:40:58
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mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by spirte雷 at 2013-06-14 14:40:58
延续上一步的速度...

那mdp文件里需不需要修改什么参数？如gen_vel是yes 还是 no ?
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奋斗中的小木虫
5楼2013-06-15 10:19:02
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spirte雷

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by mengsk at 2013-06-15 10:19:02
那mdp文件里需不需要修改什么参数？如gen_vel是yes 还是 no ?...

这个我不太清楚，应该不需要修改吧
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6楼2013-06-15 22:11:46
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emrecoba

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
mengsk: 金币+3, ★★★很有帮助, 非常感谢！请问如果把两个轨迹文件合并，如何修改tinit？ 2013-06-17 12:24:01
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-17 16:47:07
改成no就可，yes是从指定的温度给每个原子指定随机速度。另外，如果最后需要把两个轨迹文件合并，请注意修改tinit。
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7楼2013-06-17 09:00:26
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mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by spirte雷 at 2013-06-14 09:27:20
gromacs有续跑的命令，是直接从你要你上一个时间开始，续跑完将续跑的和之前的合并就可以了。没太明白你说的保留10ns处的速度？……

如何合并？可以直接用cat命令把traj_1.xtc和traj_2.xtc合起来吗？
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奋斗中的小木虫
8楼2013-06-23 11:56:07
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spirte雷

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by mengsk at 2013-06-23 11:56:07
如何合并？可以直接用cat命令把traj_1.xtc和traj_2.xtc合起来吗？...

是的
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9楼2013-06-23 12:03:25
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