应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs继续算，想保存当前的速度信息
51/1返回列表
查看: 1809  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] gromacs继续算，想保存当前的速度信息

gromacs跑MD，一开始设定跑10 ns，停下来之后如果想接着再跑10 ns，想保留10 ns处的速度信息，是不是只需把mdp文件里的gen_vel参数改为no就行了？
回复此楼

» 猜你喜欢
奋斗中的小木虫
1楼 2013-06-08 13:51:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

emrecoba

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
mengsk: 金币+3, ★★★很有帮助, 非常感谢！请问如果把两个轨迹文件合并，如何修改tinit？ 2013-06-17 12:24:01
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-17 16:47:07
改成no就可，yes是从指定的温度给每个原子指定随机速度。另外，如果最后需要把两个轨迹文件合并，请注意修改tinit。
赞一下 回复此楼
7楼2013-06-17 09:00:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

spirte雷

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-06-14 09:56:14
jiaoyixiong: 应助指数+1 2013-06-14 09:56:57
gromacs有续跑的命令，是直接从你要你上一个时间开始，续跑完将续跑的和之前的合并就可以了。没太明白你说的保留10ns处的速度？……
赞一下 回复此楼
用心体验就好
2楼2013-06-14 09:27:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by spirte雷 at 2013-06-14 09:27:20
gromacs有续跑的命令，是直接从你要你上一个时间开始，续跑完将续跑的和之前的合并就可以了。没太明白你说的保留10ns处的速度？……

那你继续跑的时候，速度是沿袭上一步的速度，还是重新速度分布？
赞一下 回复此楼
奋斗中的小木虫
3楼2013-06-14 09:50:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

spirte雷

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by mengsk at 2013-06-14 09:50:11
那你继续跑的时候，速度是沿袭上一步的速度，还是重新速度分布？...

延续上一步的速度
赞一下 回复此楼
用心体验就好
4楼2013-06-14 14:40:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 食品与营养（0955）271求调剂 +9 升格阿达 2026-04-12 9/450 2026-04-13 14:12 by maddjdld
[考研] 290求调剂 +18 柯淮然 2026-04-12 20/1000 2026-04-13 12:56 by cyh—315
[考研] 本科生物信息学，总分362 求07 08调剂 +8 q小倩1210 2026-04-06 8/400 2026-04-13 11:58 by 414435937
[考研] 085408光电信息工程专硕355一志愿长春光机所调剂 +3 王ymaa 2026-04-13 3/150 2026-04-13 11:01 by zhshch
[考研] 一志愿085502，267分求调剂 +17 再忙也要吃饭啊 2026-04-08 18/900 2026-04-13 09:57 by darren_yym
[考研] 322求调剂，08工科 +4 今天是个小号 2026-04-08 4/200 2026-04-13 00:20 by baobaoye
[基金申请] 山东省基金2026 +5 jerry681 2026-04-08 6/300 2026-04-12 08:33 by kudofaye
[考研] 307求调剂 +10 tzq94092 2026-04-10 10/500 2026-04-12 08:18 by wise999
[考研] 290求调剂 +13 luoziheng 2026-04-10 13/650 2026-04-11 23:15 by labixiaoqiao
[考研] 药学专硕调剂 +8 ? 一路生?花? 2026-04-10 10/500 2026-04-11 21:21 by zhouxiaoyu
[考研] 调剂求助 +6 果然有我 2026-04-11 7/350 2026-04-11 16:22 by 明月此时有
[考研] 本9 一志愿西工大085601 324求调剂 +5 wysyjs25 2026-04-10 5/250 2026-04-10 16:57 by luoyongfeng
[考研] 一志愿京区985，085401电子信息，本科电子信息 +3 阳光开朗的男孩 2026-04-10 3/150 2026-04-10 16:29 by sophia_93
[考研] 一志愿211，化学学硕，310分，本科重点双非，求调剂 +27 努力奋斗112 2026-04-07 30/1500 2026-04-10 15:06 by Kilig0317
[考研] 0702物理学学硕299求调剂 +6 祁柒连 2026-04-06 6/300 2026-04-10 11:10 by Roomoo
[考研] 已调剂 +18 柴郡猫_ 2026-04-09 19/950 2026-04-09 22:10 by 柴郡猫_
[考研] 278求调剂 +27 范婷娜 2026-04-07 31/1550 2026-04-09 20:49 by zhouxiaoyu
[考研] 0860004 求调剂 309分 +6 Yin DY 2026-04-09 6/300 2026-04-09 10:19 by 啊李999
[考研] 296求调剂 +3 汪！？！ 2026-04-08 3/150 2026-04-08 22:00 by zhouyuwinner
[考研] 333求调剂 +6 合乘杨习夕 2026-04-06 6/300 2026-04-07 09:44 by 猪会飞
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭