| 查看: 2015 | 回复: 2 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
asia19871122银虫 (初入文坛)
|
[求助]
如何比较准确地计算两个大分子的均方根位移（RMSD），如何高效地将两分子尽可能重合？
|
|||
| 如何比较准确地计算两个大分子的均方根位移（RMSD），不要计算公式，只求如何高效地将两分子尽可能重合？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 MDs-Gromacs | pymol/VMD/DS |
» 猜你喜欢
有时候真觉得大城市人没有县城人甚至个体户幸福
已经有12人回复
-
依托企业入选了国家启明计划青年人才。有无高校可以引进的。
已经有11人回复
-
依托企业入选了国家启明计划青年人才。有无高校可以引进的。
已经有10人回复
-
同年申请2项不同项目，第1个项目里不写第2个项目的信息，可以吗
已经有9人回复
-
表哥与省会女结婚，父母去帮带孩子被省会女气回家生重病了
已经有7人回复
-
天津大学招2026.09的博士生，欢迎大家推荐交流（博导是本人）
已经有9人回复
-
有院领导为了换新车，用横向课题经费买了俩车
已经有10人回复
-
AI 太可怕了，写基金时，提出想法，直接生成的文字比自己想得深远，还有科学性
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
pigrass
专家顾问 (著名写手)
伊卡斯特的小猪
-
专家经验: +503 - 模拟EPI: 4
- 应助: 377 (硕士)
- 金币: 10371
- 散金: 3286
- 红花: 166
- 帖子: 2101
- 在线: 1968.4小时
- 虫号: 1463681
- 注册: 2011-10-27
- 性别: GG
- 专业: 高分子材料结构与性能
- 管辖: 分子模拟
额 其实可以试好了再给金币的 我不做vmd，只是查到有这么一个插件感觉还好用。。。 
3楼2013-06-04 12:00:38
pigrass
专家顾问 (著名写手)
伊卡斯特的小猪
-
专家经验: +503 - 模拟EPI: 4
- 应助: 377 (硕士)
- 金币: 10371
- 散金: 3286
- 红花: 166
- 帖子: 2101
- 在线: 1968.4小时
- 虫号: 1463681
- 注册: 2011-10-27
- 性别: GG
- 专业: 高分子材料结构与性能
- 管辖: 分子模拟
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
asia19871122: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢回复！vmd是可以计算分子（特别是MD模拟的结果）的RMSD，不过我的两个分子坐标相差很大，不知道能不能搞定！由于我是新手，金币有限，所以先给这么多，如果确实有帮助，会追加奖赏哈！谢谢！！ 2013-06-04 11:30:31
asia19871122: 金币+5, ★★★很有帮助, 虽然你给的方法暂时没去用，但确实提供了一个很好的方向！问题已经基本解决！谢谢！！ 2013-06-05 08:43:02
感谢参与，应助指数 +1
asia19871122: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢回复！vmd是可以计算分子（特别是MD模拟的结果）的RMSD，不过我的两个分子坐标相差很大，不知道能不能搞定！由于我是新手，金币有限，所以先给这么多，如果确实有帮助，会追加奖赏哈！谢谢！！ 2013-06-04 11:30:31
asia19871122: 金币+5, ★★★很有帮助, 虽然你给的方法暂时没去用，但确实提供了一个很好的方向！问题已经基本解决！谢谢！！ 2013-06-05 08:43:02
|
不知道楼主用不用vmd，查下来好像vmd的一个插件很好用VMDICE 相关帖子 http://www.mdbbs.org/thread-28323-1-1.html 插件下载链接 http://www.meduniwien.ac.at/msi/biosim/bk/a1375/ 附件是帖子提到的论文。。。可以先试试看 |
» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : jcc.21581.pdf
2013-06-04 10:59:11, 434.99 K
2楼2013-06-04 10:56:41