24小时热门版块排行榜

返回列表

asia19871122

银虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 438.5
帖子: 47
在线: 13.7小时
虫号: 2412912
注册: 2013-04-11
性别: GG
专业: 生物物理、生物化学与分子

[求助] 如何比较准确地计算两个大分子的均方根位移（RMSD），如何高效地将两分子尽可能重合？

如何比较准确地计算两个大分子的均方根位移（RMSD），不要计算公式，只求如何高效地将两分子尽可能重合？

回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

MDs-Gromacs

pymol/VMD/DS

» 猜你喜欢

职称评审没过，求安慰已经有41人回复
回收溶剂求助已经有7人回复
硝基苯如何除去已经有3人回复
A期刊撤稿已经有4人回复
垃圾破二本职称评审标准已经有17人回复
投稿Elsevier的Neoplasia杂志，到最后选publishing options时页面空白，不能完成投稿已经有22人回复
EST投稿状态问题已经有7人回复
毕业后当辅导员了，天天各种学生超烦已经有4人回复
求助文献已经有3人回复
三无产品还有机会吗已经有6人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

人生无非是笑笑人家，然后再被人家笑笑而已

1楼 2013-06-04 10:38:22

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

专家经验: +503
模拟EPI: 4
应助: 377 (硕士)
金币: 10371
散金: 3286
红花: 166
帖子: 2101
在线: 1968.4小时
虫号: 1463681
注册: 2011-10-27
性别: GG
专业: 高分子材料结构与性能
管辖: 分子模拟

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
asia19871122: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢回复！vmd是可以计算分子（特别是MD模拟的结果）的RMSD，不过我的两个分子坐标相差很大，不知道能不能搞定！由于我是新手，金币有限，所以先给这么多，如果确实有帮助，会追加奖赏哈！谢谢！！ 2013-06-04 11:30:31
asia19871122: 金币+5, ★★★很有帮助, 虽然你给的方法暂时没去用，但确实提供了一个很好的方向！问题已经基本解决！谢谢！！ 2013-06-05 08:43:02

不知道楼主用不用vmd，查下来好像vmd的一个插件很好用VMDICE

相关帖子 http://www.mdbbs.org/thread-28323-1-1.html

插件下载链接 http://www.meduniwien.ac.at/msi/biosim/bk/a1375/

附件是帖子提到的论文。。。可以先试试看