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asia19871122银虫 (初入文坛)
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如何比较准确地计算两个大分子的均方根位移（RMSD），如何高效地将两分子尽可能重合？
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| 如何比较准确地计算两个大分子的均方根位移（RMSD），不要计算公式，只求如何高效地将两分子尽可能重合？ |
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 MDs-Gromacs | pymol/VMD/DS |
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asia19871122: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢回复！vmd是可以计算分子（特别是MD模拟的结果）的RMSD，不过我的两个分子坐标相差很大，不知道能不能搞定！由于我是新手，金币有限，所以先给这么多，如果确实有帮助，会追加奖赏哈！谢谢！！ 2013-06-04 11:30:31
asia19871122: 金币+5, ★★★很有帮助, 虽然你给的方法暂时没去用，但确实提供了一个很好的方向！问题已经基本解决！谢谢！！ 2013-06-05 08:43:02
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asia19871122: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢回复！vmd是可以计算分子（特别是MD模拟的结果）的RMSD，不过我的两个分子坐标相差很大，不知道能不能搞定！由于我是新手，金币有限，所以先给这么多，如果确实有帮助，会追加奖赏哈！谢谢！！ 2013-06-04 11:30:31
asia19871122: 金币+5, ★★★很有帮助, 虽然你给的方法暂时没去用，但确实提供了一个很好的方向！问题已经基本解决！谢谢！！ 2013-06-05 08:43:02
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不知道楼主用不用vmd，查下来好像vmd的一个插件很好用VMDICE 相关帖子 http://www.mdbbs.org/thread-28323-1-1.html 插件下载链接 http://www.meduniwien.ac.at/msi/biosim/bk/a1375/ 附件是帖子提到的论文。。。可以先试试看 |
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2013-06-04 10:59:11, 434.99 K
2楼2013-06-04 10:56:41
pigrass
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额 其实可以试好了再给金币的 我不做vmd，只是查到有这么一个插件感觉还好用。。。 3楼2013-06-04 12:00:38
