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asia19871122

银虫 (初入文坛)

[求助] 如何比较准确地计算两个大分子的均方根位移(RMSD),如何高效地将两分子尽可能重合?

如何比较准确地计算两个大分子的均方根位移(RMSD),不要计算公式,只求如何高效地将两分子尽可能重合?
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人生无非是笑笑人家,然后再被人家笑笑而已
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
asia19871122: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢回复!vmd是可以计算分子(特别是MD模拟的结果)的RMSD,不过我的两个分子坐标相差很大,不知道能不能搞定!由于我是新手,金币有限,所以先给这么多,如果确实有帮助,会追加奖赏哈!谢谢!! 2013-06-04 11:30:31
asia19871122: 金币+5, ★★★很有帮助, 虽然你给的方法暂时没去用,但确实提供了一个很好的方向!问题已经基本解决!谢谢!! 2013-06-05 08:43:02
不知道楼主用不用vmd,查下来好像vmd的一个插件很好用VMDICE

相关帖子 http://www.mdbbs.org/thread-28323-1-1.html

插件下载链接 http://www.meduniwien.ac.at/msi/biosim/bk/a1375/

附件是帖子提到的论文。。。可以先试试看

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  • 2013-06-04 10:59:11, 434.99 K
#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2013-06-04 10:56:41
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

额 其实可以试好了再给金币的 我不做vmd,只是查到有这么一个插件感觉还好用。。。
#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
3楼2013-06-04 12:00:38
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