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linkfuture

[交流] 核酸提取求助:帮忙分析下失败原因在哪?

我的提取程序是200ul总消化体积,1%SDS,200ug/ml,消化过夜.....
之后是标准酚氯仿抽提....
1%琼脂糖凝胶检测
只有最前沿有很弱的拖带出现(疑似RNA)

酚抽提后加入氯仿异戊醇(24:1)后离心后 上清很浑浊 出现大量絮状沉淀(这些是什么 蛋白质么?) ,
加入氯仿异戊醇(24:1)后 好象无法混匀 始终是分层状态,这样正常么,不是要摇成乳状,再离心么

我重新提了一次还是这个样子

[ Last edited by linkfuture on 2007-10-12 at 11:58 ]
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guohuayin

木虫 (著名写手)

博士,副教授

★ ★
telomerase(金币+2,VIP+0):thanks!欢迎来多多交流!!!
抽提核酸中我的做法是
首先加入等体积的苯酚:氯仿:异戊醇(体积比25:24:1),轻轻上下颠倒几次,混匀2分钟左右,12000rpm,离心10分钟;
然后吸取上清液,加入等体积的氯仿:异戊醇(体积比24:1)和上面的步骤一样,抽提一次,取上清
这两步试验可以反复三次,主要是去除蛋白质和糖类等杂质。
最后加入1/10体积的3M的醋酸钠(.PH5.3),2倍体积的无水乙醇沉淀DNA。
-20度放置30分钟,室温15000rpm,离心10分钟,沉淀用70%的乙醇洗涤去除盐分,稍微干燥后,加入适量的缓冲液溶解。-20度冰箱中保存。

[ Last edited by guohuayin on 2007-10-9 at 16:33 ]
内生菌资源和核酸分子的利用
2楼2007-10-09 16:31:15
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linkfuture

谢谢楼上的 回复,,我的提取程序和你的差不多,

是不是我混匀时间太长 太剧烈 导致DNA断裂呢(我每次都要上下颠倒混匀10min)

氯仿异戊醇冷冻离心后为什么上清很浑浊呢 是SDS的遇冷的原因么 还是Pr
3楼2007-10-10 12:19:10
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yangguoxing888

金虫 (小有名气)

瑜瑾


johnsooh(金币+1,VIP+0):thx
应该和上下颠倒的时间没关系。没准是你基因组提取后溶解,如果缓冲液多得话DNA浓度会低,这样也不一定能跑出来,至于前端的东西,没准是RNA。冷冻离心后为什么会出现混浊我也不知道,不过应该不是SDS预冷的原因。
瑜瑾
4楼2007-10-10 12:31:18
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tsguest

银虫 (初入文坛)


johnsooh(金币+1,VIP+0):thx
你上下颠倒混匀的时间太长了,这样容易把DNA弄断,而且如果你要是需要大片段的DNA,这样做更是不行。你如果把DNA一提出来,马上就跑,有可能就什么也跑不出来,你可以用TE溶了DNA后,在4度放置一晚,第二天再跑电泳就有可能有你提的DNA,祝你成功!
5楼2007-10-10 12:31:23
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linkfuture

中午一觉睡醒 又见2位虫友回复,非常感谢

我再提取几次试试,毕竟才提过2~3次不能的出什么结论 或许是我的操作有问题

DNA应该不那么容易降解的

一点没有真的很奇怪

不知道怎么找原因,测OD 或者直接PCR??
6楼2007-10-10 13:58:27
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yzh-1999

至尊木虫 (著名写手)

★ ★
johnsooh(金币+2,VIP+0):欢迎讨论
谢谢楼上的 回复,,我的提取程序和你的差不多,

是不是我混匀时间太长 太剧烈 导致DNA断裂呢(我每次都要上下颠倒混匀10min)

氯仿异戊醇冷冻离心后为什么上清很浑浊呢 是SDS的遇冷的原因么 还是Pr


=======================

不对。 说太剧烈导致链断裂,最后使得溶液浑浊这个说法太牵强。

我还是同意楼主说的,是消化不彻底的问题。我抽提RNA时,若样本太多,导致Trizol不够用的时候,也会出现大量的浑浊。我想可能是你没有加蛋白酶K,或量太少,导致蛋白消化不彻底,所以后续加酚不能使它沉淀分层。

冷冻后,这些悬在溶液中的蛋白析出,很正常。


所以,从消化开始,再注意点。

欢迎继续探讨!
强则极辱,情深不寿
7楼2007-10-10 14:56:23
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linkfuture

我+大样本量,提了一次,结果在沉淀时都有1块沉淀出现,还以为是DNA,结果跑电泳还是没有出现条带,我怀疑是pr,
(+了TE后,我放了一天再电泳的,好象溶解了)

图片我放在1楼了
大家能看出是怎么回事   4道拖带很严重  是DNA碎片么
8楼2007-10-12 12:03:53
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insect2004

银虫 (小有名气)


johnsooh(金币+1,VIP+0):thx
看胶带是没有,这就奇怪了,按理来说有白色沉淀应该就是DNA,而且还溶解了,你用的EB染色是不是浓度太低,或用的时间太长,把EB换成新的,另外加上MARK, 这样如果MARK跑出来而你的DNA没有跑出来,那就说明不是染色的问题,你再找别的原因,如果你不是用试剂盒提得,那你就检查一下你的关键试剂有没有问题,原因得一步步找,实验做得多了,你的经验也就多了,你再多提几次,祝顺利!
9楼2007-10-12 14:29:41
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linkfuture

多谢回复....

我用的是酚氯仿提取,没有用试剂盒,现在我在怀疑所有的试剂都有问题了,都是配了大半年的试剂了,我到是不怕失败,一步一步总能找到原因的,我最担心的是过了这个10月,就没有新鲜样品了,而且到时根本就没有样品做了,所以急啊,也不知道该从哪找原因好,没头绪现在....
10楼2007-10-12 15:36:47
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