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黑熊1990

铁虫 (小有名气)

[求助] 怎么从转录组序列里提取ORF啊?

我最近在分析转录组,想从中提取ORF,有在线的软件,也有单机版的,可是我只找到一些提取小片段的,我的这个是已组装好的转录组,有几十万条,有没有个合适的给推荐一下啊
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现在的目标:让心中的女神看得起自己……然后找个女朋友
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

引用回帖:
5楼: Originally posted by 黑熊1990 at 2013-05-28 14:22:15
看了,倒是有我要的,但是在线的,我想用本地版的,但还是谢了...

自己装个本地的,很简单的。
需要一个Linux 的机器,然后按照教程一步步就行了。
6楼2013-05-28 20:14:42
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
不明白你在说什么。
transcriptomics做的就是RNA,就是转录好的,所以所有的都是ORF啊。
2楼2013-05-26 08:29:47
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黑熊1990

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-05-26 08:29:47
不明白你在说什么。
transcriptomics做的就是RNA,就是转录好的,所以所有的都是ORF啊。

转录组是cDNA的测序所得,cDNA只是没有内含子,它不是以起始密码子为开头的,如果只有一条序列,我一眼就可以看得出来,但是有几十万条,所以我要软件,并且这个软件还可以把这些序列转录成蛋白序列
现在的目标:让心中的女神看得起自己……然后找个女朋友
3楼2013-05-26 16:43:33
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
黑熊1990: 金币+5, 有帮助, 谁然没怎么帮到,但还是谢了 2013-05-28 14:23:17
引用回帖:
3楼: Originally posted by 黑熊1990 at 2013-05-26 16:43:33
转录组是cDNA的测序所得,cDNA只是没有内含子,它不是以起始密码子为开头的,如果只有一条序列,我一眼就可以看得出来,但是有几十万条,所以我要软件,并且这个软件还可以把这些序列转录成蛋白序列...

那就是你的术语有问题,这个不叫ORF。看上去你是想得到全长gene,推荐你去galaxy(https://main.g2.bx.psu.edu/)看看,上面有大量的NGS相关软件。
4楼2013-05-26 18:20:13
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