应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 怎么从转录组序列里提取ORF啊？
51/1返回列表
查看: 2198  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

黑熊1990

铁虫 (小有名气)

[求助] 怎么从转录组序列里提取ORF啊？

我最近在分析转录组，想从中提取ORF，有在线的软件，也有单机版的，可是我只找到一些提取小片段的，我的这个是已组装好的转录组，有几十万条，有没有个合适的给推荐一下啊
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
现在的目标：让心中的女神看得起自己……然后找个女朋友
1楼 2013-05-25 21:37:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
黑熊1990: 金币+5, ★有帮助, 谁然没怎么帮到，但还是谢了 2013-05-28 14:23:17
引用回帖:
3楼: Originally posted by 黑熊1990 at 2013-05-26 16:43:33
转录组是cDNA的测序所得，cDNA只是没有内含子，它不是以起始密码子为开头的，如果只有一条序列，我一眼就可以看得出来，但是有几十万条，所以我要软件，并且这个软件还可以把这些序列转录成蛋白序列...

那就是你的术语有问题，这个不叫ORF。看上去你是想得到全长gene，推荐你去galaxy(https://main.g2.bx.psu.edu/)看看，上面有大量的NGS相关软件。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-05-26 18:20:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不明白你在说什么。
transcriptomics做的就是RNA，就是转录好的，所以所有的都是ORF啊。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2013-05-26 08:29:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

黑熊1990

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-05-26 08:29:47
不明白你在说什么。
transcriptomics做的就是RNA，就是转录好的，所以所有的都是ORF啊。

转录组是cDNA的测序所得，cDNA只是没有内含子，它不是以起始密码子为开头的，如果只有一条序列，我一眼就可以看得出来，但是有几十万条，所以我要软件，并且这个软件还可以把这些序列转录成蛋白序列
赞一下 回复此楼
现在的目标：让心中的女神看得起自己……然后找个女朋友
3楼2013-05-26 16:43:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

黑熊1990

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2013-05-26 18:20:13
那就是你的术语有问题，这个不叫ORF。看上去你是想得到全长gene，推荐你去galaxy(https://main.g2.bx.psu.edu/)看看，上面有大量的NGS相关软件。...

看了，倒是有我要的，但是在线的，我想用本地版的，但还是谢了
赞一下 回复此楼
现在的目标：让心中的女神看得起自己……然后找个女朋友
5楼2013-05-28 14:22:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭