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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 怎么从转录组序列里提取ORF啊？
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黑熊1990

铁虫 (小有名气)

[求助] 怎么从转录组序列里提取ORF啊？

我最近在分析转录组，想从中提取ORF，有在线的软件，也有单机版的，可是我只找到一些提取小片段的，我的这个是已组装好的转录组，有几十万条，有没有个合适的给推荐一下啊
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1楼 2013-05-25 21:37:25
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不明白你在说什么。
transcriptomics做的就是RNA，就是转录好的，所以所有的都是ORF啊。
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2楼2013-05-26 08:29:47
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黑熊1990

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-05-26 08:29:47
不明白你在说什么。
transcriptomics做的就是RNA，就是转录好的，所以所有的都是ORF啊。

转录组是cDNA的测序所得，cDNA只是没有内含子，它不是以起始密码子为开头的，如果只有一条序列，我一眼就可以看得出来，但是有几十万条，所以我要软件，并且这个软件还可以把这些序列转录成蛋白序列
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现在的目标：让心中的女神看得起自己……然后找个女朋友
3楼2013-05-26 16:43:33
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
黑熊1990: 金币+5, ★有帮助, 谁然没怎么帮到，但还是谢了 2013-05-28 14:23:17
引用回帖:
3楼: Originally posted by 黑熊1990 at 2013-05-26 16:43:33
转录组是cDNA的测序所得，cDNA只是没有内含子，它不是以起始密码子为开头的，如果只有一条序列，我一眼就可以看得出来，但是有几十万条，所以我要软件，并且这个软件还可以把这些序列转录成蛋白序列...

那就是你的术语有问题，这个不叫ORF。看上去你是想得到全长gene，推荐你去galaxy(https://main.g2.bx.psu.edu/)看看，上面有大量的NGS相关软件。
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4楼2013-05-26 18:20:13
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黑熊1990

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by wizardfan at 2013-05-26 18:20:13
那就是你的术语有问题，这个不叫ORF。看上去你是想得到全长gene，推荐你去galaxy(https://main.g2.bx.psu.edu/)看看，上面有大量的NGS相关软件。...

看了，倒是有我要的，但是在线的，我想用本地版的，但还是谢了
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现在的目标：让心中的女神看得起自己……然后找个女朋友
5楼2013-05-28 14:22:15
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
5楼: Originally posted by 黑熊1990 at 2013-05-28 14:22:15
看了，倒是有我要的，但是在线的，我想用本地版的，但还是谢了...

自己装个本地的，很简单的。
需要一个Linux 的机器，然后按照教程一步步就行了。
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6楼2013-05-28 20:14:42
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黑熊1990

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by wizardfan at 2013-05-28 20:14:42
自己装个本地的，很简单的。
需要一个Linux 的机器，然后按照教程一步步就行了。...

其实主要是没下到
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现在的目标：让心中的女神看得起自己……然后找个女朋友
7楼2013-06-09 18:22:14
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大爷给跪了

新虫 (小有名气)
你要的其实就是blast
不过比对的数据库是cds数据库
没预测到的再用scan预测
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8楼2014-08-19 20:23:14
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