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lixin601

木虫 (正式写手)

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[求助] PKS基因分析，紧急求助

现获得几条PKS（编码抗生素合成）基因的序列，Blast比对后发现它们比对结果不合适，但将其ORF翻译成氨基酸序列后分析，发现它们确实属于KS基因，但序列中只有起始密码子，却找不到终止密码子，不知道为何用核酸序列比对不合适？
还有就是，何时选择用氨基酸序列进行比对啊？谢谢各位

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1楼 2013-05-23 22:30:24

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chmh2009

新虫 (初入文坛)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
lixin601: 金币+5 2013-09-05 09:23:20

（1）核酸序列blast没结果，转化为氨基酸序列去blast又有结果，这很正常，我也遇到过这情况。有可能是因为PKS聚酮合酶功能基因分析时，常常是转化为氨基酸序列进行比较分析并提交数据库，很少将其提交到核酸数据库，所以会出现在核酸数据库中比对反而没结果。
（2）像PKS聚酮合酶，NRPS酶,Halogenases卤化酶等酶（蛋白）类功能基因分析及比较，常常要用氨基酸序列进行比对

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2楼2013-05-29 16:13:34

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