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lixin601

木虫 (正式写手)

[求助] PKS基因分析,紧急求助

现获得几条PKS(编码抗生素合成)基因的序列,Blast比对后发现它们比对结果不合适,但将其ORF翻译成氨基酸序列后分析,发现它们确实属于KS基因,但序列中只有起始密码子,却找不到终止密码子,不知道为何用核酸序列比对不合适?
还有就是,何时选择用氨基酸序列进行比对啊?谢谢各位
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chmh2009

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
lixin601: 金币+5 2013-09-05 09:23:20
(1)核酸序列blast没结果,转化为氨基酸序列去blast又有结果,这很正常,我也遇到过这情况。有可能是因为PKS聚酮合酶功能基因分析时,常常是转化为氨基酸序列进行比较分析并提交数据库,很少将其提交到核酸数据库,所以会出现在核酸数据库中比对反而没结果。
(2)像PKS聚酮合酶,NRPS酶,Halogenases卤化酶等酶(蛋白)类功能基因分析及比较,常常要用氨基酸序列进行比对
2楼2013-05-29 16:13:34
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