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崔永霞

铁虫 (小有名气)

[求助] 引物设计

请问各位前辈,根据近缘种属设计的引物用于反转录已获得cDNA的第一链是不是不可以加酶切位点啊?
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每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
崔永霞(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助! 2013-05-22 01:00:31
1949stone: 金币+1, 同意 2013-05-22 08:21:41
崔永霞: 金币+2, ★★★很有帮助, 非常感谢! 2013-05-22 09:25:06
最好先不加酶切位点,等基因扩增出来后再设计包含酶切位点的引物,这样做出来的几率大点,毕竟你是根据近缘种属设计的引物去做反转录。
2楼2013-05-21 20:48:20
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崔永霞

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by lxj341401 at 2013-05-21 20:48:20
最好先不加酶切位点,等基因扩增出来后再设计包含酶切位点的引物,这样做出来的几率大点,毕竟你是根据近缘种属设计的引物去做反转录。

首先感谢前辈的指点,我刚开始做这块有点陌生。那如果我有这个酶的全长cDNA序列,(是同一个物种,但不是同一个品种),是不是可以根据这个cDNA序列设计引物,然后反转录呢?因为同源比对的话,我在NCBI近缘种属里面只找到两个序列,我觉得两个序列比对时不是不可靠?
每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
3楼2013-05-22 09:24:19
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


崔永霞: 金币+1, 有帮助, 谢谢 2013-05-22 12:34:36
引用回帖:
3楼: Originally posted by 崔永霞 at 2013-05-22 09:24:19
首先感谢前辈的指点,我刚开始做这块有点陌生。那如果我有这个酶的全长cDNA序列,(是同一个物种,但不是同一个品种),是不是可以根据这个cDNA序列设计引物,然后反转录呢?因为同源比对的话,我在NCBI近缘种属里 ...

可以试试,有希望P出来,做这种实验看运气。
还有一个方法,就是找不同来源的这种酶,分析序列,看看有没有保守序列,然后根据保守序列设计引物去扩增。
4楼2013-05-22 10:22:40
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崔永霞

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by lxj341401 at 2013-05-22 10:22:40
可以试试,有希望P出来,做这种实验看运气。
还有一个方法,就是找不同来源的这种酶,分析序列,看看有没有保守序列,然后根据保守序列设计引物去扩增。...

前辈你好,再弱弱的问一句,一般一个具有催化活性的酶,那个区域是最保守的?
每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
5楼2013-05-22 12:38:06
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lxj341401

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 崔永霞 at 2013-05-22 12:38:06
前辈你好,再弱弱的问一句,一般一个具有催化活性的酶,那个区域是最保守的?...

不一定的,每类酶都有自己的特点,而且有些酶除了催化位点外,几乎没有保守性。你先查查自己酶是否有保守区域。
6楼2013-05-22 18:28:15
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崔永霞

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by lxj341401 at 2013-05-22 18:28:15
不一定的,每类酶都有自己的特点,而且有些酶除了催化位点外,几乎没有保守性。你先查查自己酶是否有保守区域。...

哦,那查这个酶的保守区域和比对序列找保守区域有什么不同吗?
每个人都有心底最柔软的地方,请不要触碰它,因为每个人都有自己的尊严!
7楼2013-05-22 20:09:02
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