24小时热门版块排行榜    

查看: 2384  |  回复: 8

hee_csu

新虫 (著名写手)

[求助] QM/MM计算中如何添加Pb的amber力场参数?

已经有PbS3三配位结构的从头算结果,在做金属蛋白的QMMM模拟时,如何添加Pb的amber力场参数?(amber中没有Pb的力场参数)
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

amber

» 猜你喜欢

今天有点凉
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

haoguoyu

禁虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
hee_csu: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢 2013-05-14 10:44:55
gmy1990: 金币+1 2013-06-12 16:30:00
本帖内容被屏蔽

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2013-05-14 08:21:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hee_csu

新虫 (著名写手)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by haoguoyu at 2013-05-14 08:21:04
关于电荷参数,把你的构型做HF/6-31* 的esp电荷计算之后,生成amber的resp电荷就是电荷参数。vdw,键长,键角力常数等需要查。

在高斯QMMM计算中,具体如何输入参数,能否给点资料或提示?
今天有点凉
3楼2013-05-14 10:47:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yongleli

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
2楼: Originally posted by haoguoyu at 2013-05-14 08:21:04
关于电荷参数,把你的构型做HF/6-31* 的esp电荷计算之后,生成amber的resp电荷就是电荷参数。vdw,键长,键角力常数等需要查。

Pb的参数早有人做了,RESP电荷是不好使的~
4楼2013-05-14 13:07:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hee_csu

新虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yongleli at 2013-05-14 13:07:01
Pb的参数早有人做了,RESP电荷是不好使的~...

麻烦虫友提供相关文献支持
今天有点凉
5楼2013-05-14 18:45:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hee_csu

新虫 (著名写手)

自己顶
今天有点凉
6楼2013-05-20 10:10:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hee_csu

新虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yongleli at 2013-05-14 13:07:01
Pb的参数早有人做了,RESP电荷是不好使的~...

虫友能否提供“Pb的参数早有人做了”的相关文献,谢谢!
今天有点凉
7楼2013-06-12 09:27:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

woainifei

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我也遇到类似的问题  顶一下
8楼2013-08-21 21:05:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

太极夫人

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by haoguoyu at 2013-05-14 08:21:04
关于电荷参数,把你的构型做HF/6-31* 的esp电荷计算之后,生成amber的resp电荷就是电荷参数。vdw,键长,键角力常数等需要查。

,计算完esp电荷后,怎样生成amber的resp电荷呢?需要什么软件?谢谢
9楼2015-04-14 13:24:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hee_csu 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 6/300 2026-08-23 00:52 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 6/300 2026-08-23 00:40 by OEbVnUOu01ol
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 8/400 2026-08-23 00:28 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 10/500 2026-08-22 23:42 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 3/150 2026-08-22 22:03 by OEbVnUOu01ol
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +3 简单化xn 2026-08-22 7/350 2026-08-22 19:46 by 简单化xn
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +10 kulium 2026-08-21 13/650 2026-08-21 21:58 by alongwaytogo
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 时间戳变了,能看出什么问题? +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
请填处理意见