24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 2164  |  回复: 8

hee_csu

新虫 (著名写手)

[求助] QM/MM计算中如何添加Pb的amber力场参数?

已经有PbS3三配位结构的从头算结果,在做金属蛋白的QMMM模拟时,如何添加Pb的amber力场参数?(amber中没有Pb的力场参数)
回复此楼
今天有点凉
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

haoguoyu

禁虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
hee_csu: 金币+10, ★★★很有帮助, 非常感谢 2013-05-14 10:44:55
gmy1990: 金币+1 2013-06-12 16:30:00
本帖内容被屏蔽

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2013-05-14 08:21:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hee_csu

新虫 (著名写手)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by haoguoyu at 2013-05-14 08:21:04
关于电荷参数,把你的构型做HF/6-31* 的esp电荷计算之后,生成amber的resp电荷就是电荷参数。vdw,键长,键角力常数等需要查。

在高斯QMMM计算中,具体如何输入参数,能否给点资料或提示?
今天有点凉
3楼2013-05-14 10:47:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yongleli

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
2楼: Originally posted by haoguoyu at 2013-05-14 08:21:04
关于电荷参数,把你的构型做HF/6-31* 的esp电荷计算之后,生成amber的resp电荷就是电荷参数。vdw,键长,键角力常数等需要查。

Pb的参数早有人做了,RESP电荷是不好使的~
4楼2013-05-14 13:07:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hee_csu

新虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yongleli at 2013-05-14 13:07:01
Pb的参数早有人做了,RESP电荷是不好使的~...

麻烦虫友提供相关文献支持
今天有点凉
5楼2013-05-14 18:45:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hee_csu

新虫 (著名写手)

自己顶
今天有点凉
6楼2013-05-20 10:10:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hee_csu

新虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yongleli at 2013-05-14 13:07:01
Pb的参数早有人做了,RESP电荷是不好使的~...

虫友能否提供“Pb的参数早有人做了”的相关文献,谢谢!
今天有点凉
7楼2013-06-12 09:27:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

woainifei

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我也遇到类似的问题  顶一下
8楼2013-08-21 21:05:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

太极夫人

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by haoguoyu at 2013-05-14 08:21:04
关于电荷参数,把你的构型做HF/6-31* 的esp电荷计算之后,生成amber的resp电荷就是电荷参数。vdw,键长,键角力常数等需要查。

,计算完esp电荷后,怎样生成amber的resp电荷呢?需要什么软件?谢谢
9楼2015-04-14 13:24:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hee_csu 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 260求调剂 +4 Zyt1314520.. 2026-04-17 5/250 2026-04-18 08:28 by babysonlkd
[考研] 急需调剂 +9 绝不放弃22 2026-04-15 10/500 2026-04-18 08:09 by chixmc
[考研] 求调剂 +9 小聂爱学习 2026-04-16 11/550 2026-04-17 22:34 by chixmc
[考研] 295分求调剂 +5 ?要上岸? 2026-04-17 5/250 2026-04-17 16:51 by fenglj492
[考研] 294求调剂 +7 淡然654321 2026-04-17 8/400 2026-04-17 16:36 by wutongshun
[考研] 0854求调剂 +21 门路摸摸 2026-04-15 25/1250 2026-04-17 15:45 by qzxyhcsy
[论文投稿] 有没有接收比较快的sci期刊呀,最好在一个月之内的,研三孩子求毕业 20+4 之护着 2026-04-16 5/250 2026-04-17 10:02 by bobvan
[考研] 22408 312求调剂 +23 门路摸摸 2026-04-14 25/1250 2026-04-16 21:21 by Art1977
[考博] 申博自荐 +3 Linxia林夏 2026-04-13 3/150 2026-04-16 12:55 by 墨荷之露
[考研] 290调剂生物0860 +38 哇哈哈,。 2026-04-11 44/2200 2026-04-16 09:52 by cuisz
[考研] 279学硕食品专业求调剂院校 20+7 孤独的狼爱吃羊 2026-04-12 29/1450 2026-04-16 09:00 by screening
[考研] 求调剂推荐 +8 小聂爱学习 2026-04-14 8/400 2026-04-16 07:22 by 学员JpLReM
[考研] 求调剂 +11 小聂爱学习 2026-04-11 15/750 2026-04-15 21:57 by noqvsozv
[考研] 297工科调剂? +14 河南农业大学-能 2026-04-13 15/750 2026-04-15 13:25 by 黑科技矿业
[考研] 各位老师好,求调剂,本科211,一志愿天津大学生物与医药学硕,差两名录取。 +11 路六六jjj 2026-04-13 11/550 2026-04-14 16:01 by zs92450
[考研] 297工科,求调剂? +13 河南农业大学-能 2026-04-12 13/650 2026-04-13 14:12 by dingyanbo1
[考研] 一志愿浙大生物325分求调剂 +9 zysheng 2026-04-12 9/450 2026-04-12 22:31 by yuyin1233
[考研] 346分,工科0854求调剂,专硕 +6 moser233 2026-04-12 7/350 2026-04-12 22:11 by fqwang
[考研] 调剂结束 +6 floriea 2026-04-12 8/400 2026-04-12 18:13 by zhouxiaoyu
[考研] 331求调剂 +5 王国帅 2026-04-11 5/250 2026-04-11 22:56 by 溪涧流水
信息提示
请填处理意见