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离子液体模拟：如何从别的软件移植力场到Gromacs（itp文件的含义以及如何写itp文件）
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我要做纯的离子液体盒子，使用的力场是从文献里下的，是DL-POLY软件的格式（附件1），我准备把它写成gromacs的itp文件，然后我看了下gromacs manual 上关于itp文件的说明（附件2），里面有一个itp文件的例子，其内容和我下的东西看起来差不多，但是觉得里面好像说的都是分子结构啊，而且例子里在top文件里就没有再给结构了，只是给了分子数目和include了itp，反而是有这么一行引用力场的文件： #include "gmx.ff/forcefield.itp" 那么manual上给的例子，itp文件是力场还是分子结构啊？ 还有如果我把力场写好了，还要用高斯优化离子对结构做一个pdb，然后做成top再genbox，然后把力场.itp给include进去，是这样嘛？还是像这个例子里写上分子数目就行了？ 另外，在哪里可以找到itp文件里各个参数的说明啊？我得弄清楚各项的含义是什么，网上搜不到...最好有教你怎么写itp文件的例子 谢谢啦 |
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2013-05-07 06:40:11, 22.89 K
2013-05-07 06:40:15, 73.78 K
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【答案】应助回帖
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wbn: 金币+40, ★★★★★最佳答案, 嗯，我好像差不多明白了，谢谢 2013-05-10 05:48:25
wbn: 金币+40, ★★★★★最佳答案, 嗯，我好像差不多明白了，谢谢 2013-05-10 05:48:25
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比如我的 gro 文件中的一部分： 36DPPC NC3 1 18.208 7.007 59.608 36DPPC PO4 2 18.422 6.811 59.976 36DPPC GL1 3 18.660 7.089 60.226 36DPPC GL2 4 18.587 7.416 60.230 36DPPC C1A 5 18.642 7.077 60.691 36DPPC C2A 6 18.725 7.215 61.110 36DPPC C3A 7 18.652 7.173 61.537 36DPPC C4A 8 18.643 6.878 61.865 36DPPC C1B 9 18.764 7.568 60.577 36DPPC C2B 10 18.676 7.668 60.980 36DPPC C3B 11 18.981 7.644 61.338 36DPPC C4B 12 18.973 7.685 61.800 这是一个DPPC分子的初始坐标文件（初始模型），有了这个之后，就需要选择合适的力场文件来模拟，就需要拓扑文件(.top) 拓扑文件中会告诉你一共有多少个分子，每个个DPPC分子中，哪两个原子之间成键，哪三个成角等等力场信息。而每个原子的坐标，随着模拟的时间都在变化的，但是分子中的各个原子间的拓扑关系不会变。这样不重复啊。 不知我这样理解是否正确。 |
5楼2013-05-09 08:37:58
2楼2013-05-08 06:40:53
【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
wbn: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-05-08 23:50:09
感谢参与，应助指数 +1
wbn: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-05-08 23:50:09
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1、先读gromacs的手册，仔细阅读itp文件的那一章，这部分内容说的比其他任何人说的都权威详细 2、你可以打开任意一个例子文件的itp文件，用写字板打开就能看到文件的内容和格式。 3、个人愚见：structure 是坐标文件，每个原子的xyz坐标，一般的gro，pdb文件；force field 就是力场了嘛，就是告诉你原子之间的成键情况，以及键长键能大小，非键相互作用等等。力场一般你只需要从软件里选择就行了，如果你模拟的对象比较特殊，可能需要你自己去寻找新的力场文件。 |
3楼2013-05-08 08:26:00
4楼2013-05-08 23:54:41