应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 如何判断ORF是不是完整的
51/1返回列表
查看: 6207  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

陈正启

铁虫 (初入文坛)

[求助] 如何判断ORF是不是完整的

想根据转录组来做ORF全长的克隆，但不是不确定怎么判断ORF是不是完整的，请教各位！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子生化实验经验积累

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-05-02 14:04:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

grape_vine

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
陈正启(gyesang代发): 金币+3, 鼓励回帖应助！ 2013-05-21 08:21:58
gyesang: 回帖置顶 2013-05-21 08:22:01
1 BLAST分析基本上可以确定你拿到的序列(CDNA序列,基因组的可能还要复杂一点,下同)所包含的本基因家族的主体结构域是不是都存在,这是第一个证据.
2 BLAST同时可以提供这个基因家族核酸序列的长度,如果都与你拿到的orf长度也差不多,可以比较放心了.
3 3'端可以通过软件分析ORF终止位点来确定,这个一般不会错.不放心就做一个3'RACE,比较简单且低成本.
4 有时候你的序列分析显示这个基因的全部保守结构域都已经在了,但是它有可能在5'段还有一段..ATG作为翻译起始位点,可以作为一个证据,但是不保证前面就没有其它的新的ATG了.你要仔细的分析,你的ATG起始位点之后的翻译的蛋白和这个基因家族大体相同,而且在atg之前无论从哪个碱基开始,都会提前找到终止密码,且翻译的蛋白短,不能很好的匹配这个基因家族,那就可以确定这个ATG是ORF起始的地方了.你的ORF的5'也就搞定了.
5 如果从你拿到的序列的第1,2 或者第三个碱基开始都可以读通,并且包含了你找到的ATG, 翻译出来的序列也确实是这个家族的,那就有可能前面还有一个ATG.最保险的是连5'RACE都做了. 5'RACE稍微费点劲儿,但是结果要可靠些.
赞一下(2人) 回复此楼
9楼2013-05-14 10:20:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

Fleaves

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这是个好问题，先去比对一下吧

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
2楼2013-05-04 00:58:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

意孤城_

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
陈正启(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-05-08 22:52:37
把你的基因序列放在clonemessage中，可以帮你寻找ORF
赞一下 回复此楼
3楼2013-05-04 20:46:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

niil

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-05-05 10:48:05
可以去NCBI网站，使用blast工具里的blastx做比对，和数据库里面已知的同源蛋白做比较，应该可以获得一些关于你的ORF是否是全长的信息。如果你的ORF和比对上的同源蛋白序列完全比对上了，基本能都说明ORF是完整的了。
赞一下 回复此楼
Stop fighting,let it flow.
4楼2013-05-04 21:38:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 3/150 2026-09-15 19:23 by CgyNCDVNhGVg
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 3/150 2026-09-15 18:59 by CgyNCDVNhGVg
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 23jxep3nCNZb 2026-09-14 4/200 2026-09-15 18:11 by CgyNCDVNhGVg
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 17:39 by CgyNCDVNhGVg
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-15 16:59 by CgyNCDVNhGVg
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 4/200 2026-09-15 14:50 by VMDqgnlKimtZ
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 6/300 2026-09-15 14:38 by VMDqgnlKimtZ
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +6 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 7/350 2026-09-15 14:13 by VMDqgnlKimtZ
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +7 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 9/450 2026-09-15 14:10 by VMDqgnlKimtZ
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 08:58 by C79jjtjAKjEn
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-15 08:02 by C79jjtjAKjEn
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-15 07:34 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 4/200 2026-09-15 07:02 by 5BDX0d0WFp7t
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 6/300 2026-09-15 05:50 by 5BDX0d0WFp7t
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 6/300 2026-09-15 05:38 by 5BDX0d0WFp7t
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 6/300 2026-09-14 22:37 by vZfe6xYu34yj
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 5/250 2026-09-14 22:25 by vZfe6xYu34yj
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-14 21:25 by vZfe6xYu34yj
[找工作] 浙江师范大学是怎么坑我的 +6 recruit123 2026-09-09 6/300 2026-09-14 12:00 by 萨仁其其格
[考博] 西北工业大学材料学院电化学传感与催化课题组招收2027年推免研究生、博士生、博士后 +3 马方园 2026-09-10 4/200 2026-09-14 09:29 by Chem张zz
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭