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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 如何判断ORF是不是完整的
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陈正启

铁虫 (初入文坛)

[求助] 如何判断ORF是不是完整的

想根据转录组来做ORF全长的克隆，但不是不确定怎么判断ORF是不是完整的，请教各位！
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1楼 2013-05-02 14:04:29
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sdynyam

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
陈正启(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-05-21 08:21:33
原核生物基因或真核生物cDNA具有ORF开始和结束的位置特征，适合选用getorf工具。二真核生物基因具有内含子剪切位点，适合选用GENSCAN，可同时预测ORF和基因的内部结构。
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7楼2013-05-13 20:19:01
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Fleaves

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这是个好问题，先去比对一下吧

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2013-05-04 00:58:20
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意孤城_

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
陈正启(gyesang代发): 金币+1, 鼓励回帖应助！ 2013-05-08 22:52:37
把你的基因序列放在clonemessage中，可以帮你寻找ORF
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3楼2013-05-04 20:46:54
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niil

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2013-05-05 10:48:05
可以去NCBI网站，使用blast工具里的blastx做比对，和数据库里面已知的同源蛋白做比较，应该可以获得一些关于你的ORF是否是全长的信息。如果你的ORF和比对上的同源蛋白序列完全比对上了，基本能都说明ORF是完整的了。
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Stop fighting,let it flow.
4楼2013-05-04 21:38:55
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