| 查看: 706 | 回复: 2 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
[求助]
MS6.0 Dmol3 CPU效率波动问题
|
||
|
新搭建的集群： Rocks 6.1 , 12个节点, 每个节点双路12核(E5-2620)，24G DDR3 1333内存. Redhat 6.3，每节点连接到同一个infiniband交换机和一个千兆交换机。 安装materials studio 6.0. 问题： 91个原子氨基酸多肽，Dmol3优化，CPU效率平稳，在95％以上，偶尔掉到50％，瞬间恢复。内存使用在18G左右 391个原子蛋白链段，Dmol3优化，CPU效率波动明显且有规律，间隔半分钟左右12个dmol进程掉到0.x%,或者 一半进程掉到0.x%,一会儿又恢复到9x%. 内存占用22G左右。 试过在另外一台老的集群上算同样的model, 该集群没用Rocks, MS版本为5.5，4个节点，每节点8核，16G内存，千兆网络。算同样的model，不管是大的还是小的model，效率平稳在99～100％。 尝试过的解决方法： 换装MS5.5， 没解决； 用一个节点算，依然波动，但波动幅度减小，排除网络通信的原因； MPI的问题，换了MS5.5， MS5.5用的Hpmpi, MS6.0是intelMPI, 但是问题依旧； 初步认为是内存的问题， 但是老集群上也是每核配2G内存，大model内存占用在15G左右，CPU效率依然稳定。 大家看看是什么原因呢？ ps,图上两边的是算的大model的CPU效率，中间是小model的CPU效率  ganglia监控.jpg |
回复此楼» 猜你喜欢
反铁磁体中的磁性切换：两种不同的机制已成功可视化
已经有0人回复
-
求标准粉末衍射卡号 ICDD 01-076-1802
已经有0人回复
-
物理学I论文润色/翻译怎么收费?
已经有176人回复
-
新西兰Robinson研究所招收全奖PhD
已经有0人回复
-
石墨烯转移--二氧化硅衬底石墨烯
已经有0人回复
-
笼目材料中量子自旋液体基态的证据
已经有0人回复
-
数学教学论硕士可以读数学物理博士吗？
已经有0人回复
-
德国亥姆霍兹Hereon中心汉堡分部招镁合金腐蚀裂变SCC课题方向2026公派博士生
已经有4人回复
-
澳门大学 应用物理及材料工程研究院 潘晖教授课题组诚招博士后
已经有11人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 单/双层石墨烯储氢的dmol3建模问题
已经有7人回复
- 关于使用Dmol3进行过渡态搜索的问题！
已经有18人回复
- MS-dmol3电荷密度分析
已经有14人回复
- DMOL3 设置问题
已经有6人回复
- 【其他】MS5.5新版本发布会正在进行时
已经有17人回复
- 【求助】CPU运算效率低
已经有4人回复
- 【求助】MS5.0中Dmol3计算频率问题
已经有21人回复
- 【求助】castep与dmol3的选择问题
已经有8人回复
- 【求助】DMol3过渡态搜索的相关问题
已经有6人回复
- 【求助】MS在LINUX下的安装问题
已经有22人回复
3楼2013-04-29 15:06:25