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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » DMOL3 设置问题
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zhuzisummer

银虫 (小有名气)

[求助] DMOL3 设置问题

请教一下呀！亚硝酸甲酯分子具有很弱的对称性——Cs 对称性 ，那此分子吸附于Pd111表面也需要设置对称性吗？而文献中甲醇吸附于Pd111表面不需要设置对称性。请教下该怎么设置好呢？谢谢！
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1楼2011-08-18 12:14:43
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uuv2010

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【答案】应助回帖

★
youzhizhe(金币+1): 谢谢提示。 2011-08-19 16:41:27
zhuzisummer(金币+1): 2011-08-20 11:23:49
表面吸附的计算没必要设置对称性
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2楼2011-08-18 23:37:23
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zhuzisummer

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by uuv2010 at 2011-08-18 23:37:23:
表面吸附的计算没必要设置对称性

那再请教下，不设置对称性，是指分子在优化过程不要设置对称性，单纯表面在优化时也不设置对称性，分子吸附于表面上也不设置对称性吗？还是指分子在优化过程可以设置对称性，以满足频率和symmetry point grop与实验相符合，而单纯表面在优化时也不设置对称性，分子吸附于表面上也不设置对称性吗？谢谢！
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3楼2011-08-20 11:31:40
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uuv2010

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【答案】应助回帖

★ ★
贺仪(金币+2): 多谢你的热心帮助 2011-08-20 21:43:41
zhuzisummer(金币+1): 谢谢 2011-08-22 09:18:34
分子优化需要设置对称性；晶体表面的对称性的设置要慎重，要清楚是不是发生了表面重构、表面弛豫而破坏了原有的对称性；分子在表面上的吸附，往往不知道吸附构型和吸附位置，所以不需要设置对称性。
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4楼2011-08-20 21:41:26
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zhuzisummer

银虫 (小有名气)
谢谢！
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5楼2011-08-21 21:21:41
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zhuzisummer

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by uuv2010 at 2011-08-20 21:41:26:
分子优化需要设置对称性；晶体表面的对称性的设置要慎重，要清楚是不是发生了表面重构、表面弛豫而破坏了原有的对称性；分子在表面上的吸附，往往不知道吸附构型和吸附位置，所以不需要设置对称性。

谢谢！
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6楼2011-08-21 21:23:09
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zhuzisummer

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by uuv2010 at 2011-08-20 21:41:26:
分子优化需要设置对称性；晶体表面的对称性的设置要慎重，要清楚是不是发生了表面重构、表面弛豫而破坏了原有的对称性；分子在表面上的吸附，往往不知道吸附构型和吸附位置，所以不需要设置对称性。

非常感谢您的帮助！但有个问题还是不是很清楚，就是关于您说的“晶体表面的对称性的设置要慎重，要清楚是不是发生了表面重构、表面弛豫而破坏了原有的对称性”，请教一下怎样知道发生了表面重构、表面弛豫。在MS软件DOML3模块中是看symmetry grop; 还是看lattice parameters中lattice type,lengths,angles; 还是看优化后的构型中第5层原子层与第4层原子层的距离，第4层原子层与第3层原子层的距离并与第2层原子层与第1层原子层的距离相比较看看有没有变化（其中第5第4第3层原子层放开，第2第1层原子层固定）？
下面是我的做法不只对不对
我在outmol文件中Final Coordinates中找到每层原子的Z轴坐标得到各层坐标之差

                       坐标差        坐标差        坐标差
第5层-第4层        2.997        2.30435        2.304552
第4层-第3层        2.997        2.28927        2.289327
第3层-第2层        2.997        2.28925        2.289327
第2层-第1层        2.997        2.30431        2.304551
                  优化前    没用对称性优化后             用对称性优化后

我用的是5层原子层，下面2层即第2第1层原子层固定，上面3层放开，所得层间距结果如上表。想问一下是要比较哪组数据？是把优化后第2层-第1层距离当做晶胞层间距还是优化前的呢？谢谢
（图形在附件上，麻烦您帮看看，非常感谢）
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7楼2011-08-22 09:23:59
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