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zhuzisummer银虫 (小有名气)
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DMOL3 设置问题
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| 请教一下呀！亚硝酸甲酯分子具有很弱的对称性——Cs 对称性 ，那此分子吸附于Pd111表面也需要设置对称性吗？而文献中甲醇吸附于Pd111表面不需要设置对称性。请教下该怎么设置好呢？谢谢！ |
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2楼2011-08-18 23:37:23
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6楼2011-08-21 21:23:09
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非常感谢您的帮助！但有个问题还是不是很清楚，就是关于您说的“晶体表面的对称性的设置要慎重，要清楚是不是发生了表面重构、表面弛豫而破坏了原有的对称性”，请教一下怎样知道发生了表面重构、表面弛豫。在MS软件DOML3模块中是看symmetry grop; 还是看lattice parameters中lattice type,lengths,angles; 还是看优化后的构型中第5层原子层与第4层原子层的距离，第4层原子层与第3层原子层的距离并与第2层原子层与第1层原子层的距离相比较看看有没有变化（其中第5第4第3层原子层放开，第2第1层原子层固定）？ 下面是我的做法不只对不对 我在outmol文件中Final Coordinates中找到每层原子的Z轴坐标得到各层坐标之差 坐标差 坐标差 坐标差 第5层-第4层 2.997 2.30435 2.304552 第4层-第3层 2.997 2.28927 2.289327 第3层-第2层 2.997 2.28925 2.289327 第2层-第1层 2.997 2.30431 2.304551 优化前 没用对称性优化后 用对称性优化后 我用的是5层原子层，下面2层即第2第1层原子层固定，上面3层放开，所得层间距结果如上表。想问一下是要比较哪组数据？是把优化后第2层-第1层距离当做晶胞层间距还是优化前的呢？谢谢  （图形在附件上，麻烦您帮看看，非常感谢） |
7楼2011-08-22 09:23:59
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