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MS6.0 Dmol3 CPU效率波动问题
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新搭建的集群： Rocks 6.1 , 12个节点, 每个节点双路12核(E5-2620)，24G DDR3 1333内存. Redhat 6.3，每节点连接到同一个infiniband交换机和一个千兆交换机。 安装materials studio 6.0. 问题： 91个原子氨基酸多肽，Dmol3优化，CPU效率平稳，在95％以上，偶尔掉到50％，瞬间恢复。内存使用在18G左右 391个原子蛋白链段，Dmol3优化，CPU效率波动明显且有规律，间隔半分钟左右12个dmol进程掉到0.x%,或者 一半进程掉到0.x%,一会儿又恢复到9x%. 内存占用22G左右。 试过在另外一台老的集群上算同样的model, 该集群没用Rocks, MS版本为5.5，4个节点，每节点8核，16G内存，千兆网络。算同样的model，不管是大的还是小的model，效率平稳在99～100％。 尝试过的解决方法： 换装MS5.5， 没解决； 用一个节点算，依然波动，但波动幅度减小，排除网络通信的原因； MPI的问题，换了MS5.5， MS5.5用的Hpmpi, MS6.0是intelMPI, 但是问题依旧； 初步认为是内存的问题， 但是老集群上也是每核配2G内存，大model内存占用在15G左右，CPU效率依然稳定。 大家看看是什么原因呢？ ps,图上两边的是算的大model的CPU效率，中间是小model的CPU效率  ganglia监控.jpg |
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