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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs确定疏水性
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wanglang1987

铜虫 (小有名气)

[求助] gromacs确定疏水性

gromacs跑出来以后，怎么样确定他的疏水性大小？我想比较前后的疏水性，请问怎么样解决？？
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1楼 2013-04-23 10:16:08
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spirte雷

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
12楼: Originally posted by wanglang1987 at 2013-05-14 17:44:48
在吗？需要你帮助呀，用ligplot怎么分析疏水的个数，貌似只能分析氢键呀？...

也能分析疏水，nnb文件就是疏水的个数
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用心体验就好
13楼2013-05-16 15:33:45
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ben_ladeng: 金币+2, 多多交流 2013-04-23 20:40:08
确定亲水疏水性的性质是根据你的参数确定的吧？

比如在martini 粗粒化力场中，水的珠子类型是  P4 , 如果你模拟的物质珠子类型是  C1 ，那么这种物质就是疏水的

[ Last edited by jiaoyixiong on 2013-4-23 at 10:25 ]
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2楼2013-04-23 10:23:36
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wanglang1987

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-04-23 10:23:36
确定亲水疏水性的性质是根据你的参数确定的吧？

比如在martini 粗粒化力场中，水的珠子类型是  P4 , 如果你模拟的物质珠子类型是  C1 ，那么这种物质就是疏水的
...

你说的我不是很懂，我指的是蛋白质没加离子之前有个亲疏性，加完离子后有个亲疏性，我想比较他们的大小，请问怎么解决？
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滴答
3楼2013-04-23 12:31:41
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wanglang1987 at 2013-04-23 12:31:41
你说的我不是很懂，我指的是蛋白质没加离子之前有个亲疏性，加完离子后有个亲疏性，我想比较他们的大小，请问怎么解决？...

那我也不清楚了，你需要再调研相关的文献
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4楼2013-04-23 14:06:29
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