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傻孩阿布

铁虫 (初入文坛)

[求助] 形成能计算中,单原子能量计算问题。

关于形成能的计算里头需要计算晶胞内的单个原子的化学势,也就是单个原子的能量吧,我算的体系是fe3c的,想分别算出fe原子和C原子的化学势,不知道如何计算。
1.建立一个大的空间结构,里头放入单个原子。这种方法,我不大会,求大神指点。因为初学,所以希望大神可以按步骤帮忙,大恩不言谢。
2.我是把fe3c那个晶胞里头的其他原子删除,只留下单个的fe原子或者是c原子,然后再进行几何优化,得到的能量是否就是单个原子的化学势呢?
希望大神可以不吝赐教,告知化学势的求法,不胜感激,不胜感激。
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zzzaqxq

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流,, 2013-04-22 21:19:14
傻孩阿布: 金币+5, 有帮助 2013-08-29 15:56:25
以C为例,
CASTEP只能处理周期性的体系。为了能够优化C分子的几何结构,我们必需把它放入晶格点阵中。
       选择New | 3D Atomistic Document.在3D Atomistic Document.xsd上右键单击,选中Rename。键入C,按下RETURN键,建立C.xsd文件。
        现在显示的是一个空3D模型文档。我们可以使用Build Crystal工具来创建一个空晶格单元,然后在上面添加C分子。

从菜单栏中选择Build | Crystals | Build Crystal,再选中Lattice Parameters标签,把每一个单元的长度a, b, 和 c改为8.00,按下Build按钮。在3D模型文档中显示出一个空单元。
从菜单栏选择Build | Add Atoms。
在Add Atoms对话框中,选择Options标签,确定Coordinate system为Cartesian。然后选中Atoms标签,按下Add按钮。
然后优化!
勤能补拙是良训一分辛苦一分才
2楼2013-04-22 11:09:49
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傻孩阿布

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zzzaqxq at 2013-04-22 11:09:49
以C为例,
CASTEP只能处理周期性的体系。为了能够优化C分子的几何结构,我们必需把它放入晶格点阵中。
       选择New | 3D Atomistic Document.在3D Atomistic Document.xsd上右键单击,选中Rename。键入C,按下 ...

谢谢。麻烦在问下,那cartesian和fractional这两种系统有什么差别呢?分别适用于什么类别呢?还有想问下,我自己提到的第二种方法是什么情况?有什么说法不?在线等。
3楼2013-04-22 13:47:53
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tuyuan_whu

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流,, 2013-04-22 21:19:21
你好,我计算过形成能。

单原子的形成能,就是在一个大的空胞里放入一个原子,计算的total energy就是形成能。
单个原子坐标任意,比如 0 0 0,
晶胞格矢写的大一些,比如:
0 0 100
0 100 0
100 0 0

要是算一个分子的形成能,可以算出一个大胞的总能,除以这个大胞内的分子总数,就是形成能了。
呵呵呵
4楼2013-04-22 14:20:42
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tuyuan_whu

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流,, 2013-04-22 21:19:26
傻孩阿布: 金币+5, 有帮助 2013-08-29 15:56:40
另外,

如果是计算单个原子的形成能,我们就是要免除原子之间的,或者胞之间的相互作用。所以应该不存在一个弛豫优化的过程,所以你说的第二种情况,我不太知道是在什么情况下使用。
呵呵呵
5楼2013-04-22 14:22:27
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tuyuan_whu

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 傻孩阿布 at 2013-04-22 13:47:53
谢谢。麻烦在问下,那cartesian和fractional这两种系统有什么差别呢?分别适用于什么类别呢?还有想问下,我自己提到的第二种方法是什么情况?有什么说法不?在线等。...

cartesian坐标和fractional坐标体系没有区别。一种是给出直接坐标,一种是给出该原子在abc三个方向的投影占据各个棱长的比例。如,晶胞的三条棱的位矢分别是
0 0 3
0 3 0
3 0 0

那么,晶胞中心位置对应的catesian坐标是:1.5 1.5 1.5
而fractional坐标是:0.5 0.5 0.5
呵呵呵
6楼2013-04-22 14:27:56
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sungjen

银虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by tuyuan_whu at 2013-04-22 14:20:42
你好,我计算过形成能。

单原子的形成能,就是在一个大的空胞里放入一个原子,计算的total energy就是形成能。
单个原子坐标任意,比如 0 0 0,
晶胞格矢写的大一些,比如:
0 0 100
0 100 0
100 0 0

要 ...

请问结合能和形成能算法一样吗?还有就是掺杂体系的结合能应该怎么算呢
希望有一天成为大神
7楼2013-10-16 16:32:29
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