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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 形成能计算中，单原子能量计算问题。
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傻孩阿布

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

[求助] 形成能计算中，单原子能量计算问题。

关于形成能的计算里头需要计算晶胞内的单个原子的化学势，也就是单个原子的能量吧，我算的体系是fe3c的，想分别算出fe原子和C原子的化学势，不知道如何计算。
1.建立一个大的空间结构，里头放入单个原子。这种方法，我不大会，求大神指点。因为初学，所以希望大神可以按步骤帮忙，大恩不言谢。
2.我是把fe3c那个晶胞里头的其他原子删除，只留下单个的fe原子或者是c原子，然后再进行几何优化，得到的能量是否就是单个原子的化学势呢？
希望大神可以不吝赐教，告知化学势的求法，不胜感激，不胜感激。
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1楼 2013-04-22 09:30:27
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zzzaqxq

实习版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-04-22 21:19:14
傻孩阿布: 金币+5, ★有帮助 2013-08-29 15:56:25
以C为例，
CASTEP只能处理周期性的体系。为了能够优化C分子的几何结构，我们必需把它放入晶格点阵中。
       选择New | 3D Atomistic Document.在3D Atomistic Document.xsd上右键单击，选中Rename。键入C，按下RETURN键，建立C.xsd文件。
        现在显示的是一个空3D模型文档。我们可以使用Build Crystal工具来创建一个空晶格单元，然后在上面添加C分子。

从菜单栏中选择Build | Crystals | Build Crystal，再选中Lattice Parameters标签，把每一个单元的长度a, b, 和 c改为8.00，按下Build按钮。在3D模型文档中显示出一个空单元。
从菜单栏选择Build | Add Atoms。
在Add Atoms对话框中，选择Options标签，确定Coordinate system为Cartesian。然后选中Atoms标签，按下Add按钮。
然后优化！
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勤能补拙是良训一分辛苦一分才
2楼2013-04-22 11:09:49
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傻孩阿布

兑换贵宾

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
2楼: Originally posted by zzzaqxq at 2013-04-22 11:09:49
以C为例，
CASTEP只能处理周期性的体系。为了能够优化C分子的几何结构，我们必需把它放入晶格点阵中。
       选择New | 3D Atomistic Document.在3D Atomistic Document.xsd上右键单击，选中Rename。键入C，按下 ...

谢谢。麻烦在问下，那cartesian和fractional这两种系统有什么差别呢？分别适用于什么类别呢？还有想问下，我自己提到的第二种方法是什么情况？有什么说法不？在线等。
赞一下 回复此楼
3楼2013-04-22 13:47:53
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tuyuan_whu

版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-04-22 21:19:21
你好，我计算过形成能。

单原子的形成能，就是在一个大的空胞里放入一个原子，计算的total energy就是形成能。
单个原子坐标任意，比如 0 0 0，
晶胞格矢写的大一些，比如：
0 0 100
0 100 0
100 0 0

要是算一个分子的形成能，可以算出一个大胞的总能，除以这个大胞内的分子总数，就是形成能了。
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呵呵呵
4楼2013-04-22 14:20:42
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tuyuan_whu

超级版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-04-22 21:19:26
傻孩阿布: 金币+5, ★有帮助 2013-08-29 15:56:40
另外，

如果是计算单个原子的形成能，我们就是要免除原子之间的，或者胞之间的相互作用。所以应该不存在一个弛豫优化的过程，所以你说的第二种情况，我不太知道是在什么情况下使用。
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呵呵呵
5楼2013-04-22 14:22:27
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tuyuan_whu

主管区长

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
3楼: Originally posted by 傻孩阿布 at 2013-04-22 13:47:53
谢谢。麻烦在问下，那cartesian和fractional这两种系统有什么差别呢？分别适用于什么类别呢？还有想问下，我自己提到的第二种方法是什么情况？有什么说法不？在线等。...

cartesian坐标和fractional坐标体系没有区别。一种是给出直接坐标，一种是给出该原子在abc三个方向的投影占据各个棱长的比例。如，晶胞的三条棱的位矢分别是
0 0 3
0 3 0
3 0 0

那么，晶胞中心位置对应的catesian坐标是：1.5 1.5 1.5
而fractional坐标是：0.5 0.5 0.5
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呵呵呵
6楼2013-04-22 14:27:56
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sungjen

实习版主

优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！优秀！！有木有！！！
引用回帖:
4楼: Originally posted by tuyuan_whu at 2013-04-22 14:20:42
你好，我计算过形成能。

单原子的形成能，就是在一个大的空胞里放入一个原子，计算的total energy就是形成能。
单个原子坐标任意，比如 0 0 0，
晶胞格矢写的大一些，比如：
0 0 100
0 100 0
100 0 0

要 ...

请问结合能和形成能算法一样吗？还有就是掺杂体系的结合能应该怎么算呢
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希望有一天成为大神
7楼2013-10-16 16:32:29
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