应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 形成能计算中，单原子能量计算问题。
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
71/1返回列表
查看: 2525  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

傻孩阿布

铁虫 (初入文坛)

[求助] 形成能计算中，单原子能量计算问题。

关于形成能的计算里头需要计算晶胞内的单个原子的化学势，也就是单个原子的能量吧，我算的体系是fe3c的，想分别算出fe原子和C原子的化学势，不知道如何计算。
1.建立一个大的空间结构，里头放入单个原子。这种方法，我不大会，求大神指点。因为初学，所以希望大神可以按步骤帮忙，大恩不言谢。
2.我是把fe3c那个晶胞里头的其他原子删除，只留下单个的fe原子或者是c原子，然后再进行几何优化，得到的能量是否就是单个原子的化学势呢？
希望大神可以不吝赐教，告知化学势的求法，不胜感激，不胜感激。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

第一性原理计算-tg 不错哦

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-04-22 09:30:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zzzaqxq

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-04-22 21:19:14
傻孩阿布: 金币+5, ★有帮助 2013-08-29 15:56:25
以C为例，
CASTEP只能处理周期性的体系。为了能够优化C分子的几何结构，我们必需把它放入晶格点阵中。
       选择New | 3D Atomistic Document.在3D Atomistic Document.xsd上右键单击，选中Rename。键入C，按下RETURN键，建立C.xsd文件。
        现在显示的是一个空3D模型文档。我们可以使用Build Crystal工具来创建一个空晶格单元，然后在上面添加C分子。

从菜单栏中选择Build | Crystals | Build Crystal，再选中Lattice Parameters标签，把每一个单元的长度a, b, 和 c改为8.00，按下Build按钮。在3D模型文档中显示出一个空单元。
从菜单栏选择Build | Add Atoms。
在Add Atoms对话框中，选择Options标签，确定Coordinate system为Cartesian。然后选中Atoms标签，按下Add按钮。
然后优化！
赞一下(1人) 回复此楼
勤能补拙是良训一分辛苦一分才
2楼2013-04-22 11:09:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

傻孩阿布

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zzzaqxq at 2013-04-22 11:09:49
以C为例，
CASTEP只能处理周期性的体系。为了能够优化C分子的几何结构，我们必需把它放入晶格点阵中。
       选择New | 3D Atomistic Document.在3D Atomistic Document.xsd上右键单击，选中Rename。键入C，按下 ...

谢谢。麻烦在问下，那cartesian和fractional这两种系统有什么差别呢？分别适用于什么类别呢？还有想问下，我自己提到的第二种方法是什么情况？有什么说法不？在线等。
赞一下 回复此楼
3楼2013-04-22 13:47:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tuyuan_whu

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-04-22 21:19:21
你好，我计算过形成能。

单原子的形成能，就是在一个大的空胞里放入一个原子，计算的total energy就是形成能。
单个原子坐标任意，比如 0 0 0，
晶胞格矢写的大一些，比如：
0 0 100
0 100 0
100 0 0

要是算一个分子的形成能，可以算出一个大胞的总能，除以这个大胞内的分子总数，就是形成能了。
赞一下 回复此楼
呵呵呵
4楼2013-04-22 14:20:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tuyuan_whu

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流，， 2013-04-22 21:19:26
傻孩阿布: 金币+5, ★有帮助 2013-08-29 15:56:40
另外，

如果是计算单个原子的形成能，我们就是要免除原子之间的，或者胞之间的相互作用。所以应该不存在一个弛豫优化的过程，所以你说的第二种情况，我不太知道是在什么情况下使用。
赞一下 回复此楼
呵呵呵
5楼2013-04-22 14:22:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tuyuan_whu

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 傻孩阿布 at 2013-04-22 13:47:53
谢谢。麻烦在问下，那cartesian和fractional这两种系统有什么差别呢？分别适用于什么类别呢？还有想问下，我自己提到的第二种方法是什么情况？有什么说法不？在线等。...

cartesian坐标和fractional坐标体系没有区别。一种是给出直接坐标，一种是给出该原子在abc三个方向的投影占据各个棱长的比例。如，晶胞的三条棱的位矢分别是
0 0 3
0 3 0
3 0 0

那么，晶胞中心位置对应的catesian坐标是：1.5 1.5 1.5
而fractional坐标是：0.5 0.5 0.5
赞一下(1人) 回复此楼
呵呵呵
6楼2013-04-22 14:27:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sungjen

银虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by tuyuan_whu at 2013-04-22 14:20:42
你好，我计算过形成能。

单原子的形成能，就是在一个大的空胞里放入一个原子，计算的total energy就是形成能。
单个原子坐标任意，比如 0 0 0，
晶胞格矢写的大一些，比如：
0 0 100
0 100 0
100 0 0

要 ...

请问结合能和形成能算法一样吗？还有就是掺杂体系的结合能应该怎么算呢
赞一下 回复此楼
希望有一天成为大神
7楼2013-10-16 16:32:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 傻孩阿布 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +3 邱gl 2026-03-27 3/150 2026-03-27 10:40 by wwwbobobo
[考研] 材料292调剂 +10 橘颂思美人 2026-03-23 10/500 2026-03-27 10:22 by dick_runner
[硕博家园] 招收生物学/细胞生物学调剂 +3 IceGuo 2026-03-26 4/200 2026-03-27 05:35 by user003
[考研] 286求调剂 +5 PolarBear11 2026-03-26 5/250 2026-03-26 23:59 by 运气yunqi
[考研] 349求调剂 +4 李木子啊哈哈 2026-03-25 4/200 2026-03-26 22:49 by fmesaito
[考研] 333求调剂 +6 wfh030413@ 2026-03-23 6/300 2026-03-26 22:45 by 学员8dgXkO
[考研] 材料与化工304求B区调剂 +3 邱gl 2026-03-26 6/300 2026-03-26 18:03 by 邱gl
[考研] 考研调剂 +8 小蜡新笔 2026-03-26 8/400 2026-03-26 16:18 by dick_runner
[考研] 334分 一志愿武理 材料求调剂 +4 李李不服输 2026-03-26 4/200 2026-03-26 16:00 by 不吃魚的貓
[考研] 寻找调剂 +5 倔强芒? 2026-03-21 8/400 2026-03-26 13:25 by 0906ljy
[考研] 化学调剂一志愿上海交通大学336分-本科上海211 +4 小鱼爱有机 2026-03-25 4/200 2026-03-26 10:19 by aa331100
[考研] 309求调剂 +4 gajsj 2026-03-25 5/250 2026-03-26 00:27 by Dyhoer
[考研] 332求调剂 +6 032500 2026-03-25 6/300 2026-03-25 22:45 by 418490947
[考研] 求调剂 +3 李李不服输 2026-03-25 3/150 2026-03-25 13:03 by cmz0325
[考研] 282求调剂 +3 wcq131415 2026-03-24 3/150 2026-03-25 12:16 by userper
[考研] 一志愿南航材料专317分求调剂 +5 炸呀炸呀炸薯条 2026-03-23 5/250 2026-03-24 16:52 by 星空星月
[考研] 291求调剂 +3 HanBeiNingZC 2026-03-24 3/150 2026-03-24 16:34 by barlinike
[考研] 333求调剂 +3 ALULU4408 2026-03-23 3/150 2026-03-23 19:04 by macy2011
[考研] 280分求调剂 一志愿085802 +4 PUMPT 2026-03-22 7/350 2026-03-22 22:13 by 星空星月
[考研] 319求调剂 +4 小力气珂珂 2026-03-20 4/200 2026-03-22 15:53 by ColorlessPI
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭