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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs可以做空间分布函数(spatial distribution function)吗
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mengsk

金虫 (著名写手)

[交流] gromacs可以做空间分布函数(spatial distribution function)吗

请问gromacs可以做空间分布函数(spatial distribution function)吗？就是描述体系中A离子周围，B离子的分布几率。有点类似RDF的图形化。请高手指点一下。
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1楼 2013-04-20 17:23:47
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childsliu

捐助贵宾 (正式写手)
★ ★
mengsk(金币+1): 谢谢参与
mengsk: 金币+1, 求详细步骤，谢谢！ 2013-04-21 15:10:14
用vmd试试，里面有插件，可以图形化。
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3楼2013-04-21 10:42:52
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
mengsk(金币+1): 谢谢参与
mengsk: 金币+1, 能否给个详细的命令，谢谢！ 2013-04-21 15:09:59
去查看 g_spatial 命令是否满足你的要求，

根据你的描述，你完全可以自己写个小程序，读入轨迹文件然后处理处理啊
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2013-04-20 21:05:12
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