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落枫4161296

铁虫 (小有名气)

[求助] 氨基酸和混合溶剂形成的氢键问题

用高斯计算，是计算溶剂模型还是溶剂效应
酪氨酸（还有色氨酸）  和水以及异丙醇的混合溶剂形成的氢键怎么算，我要看酪氨酸和混合溶剂形成的氢键。还有酪氨酸和单个溶剂形成的氢键又怎么算

万分感谢，等待急用
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1楼 2012-09-20 16:34:29
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gujing136

禁虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
落枫4161296: 金币+1, ★有帮助 2012-09-24 15:27:01
算个BSSE就可以得出氢键的能量了，不知道你是不是想这样算··
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叫老猫的兔子
2楼2012-09-20 18:32:11
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落枫4161296

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gujing136 at 2012-09-20 18:32:11
算个BSSE就可以得出氢键的能量了，不知道你是不是想这样算··

是用高斯算吗，关键字是什么
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3楼2012-09-21 15:16:10
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gujing136

禁虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 落枫4161296 at 2012-09-21 15:16:10
是用高斯算吗，关键字是什么...

是啊，你去网上找一下BSSE就好了，很多的··
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叫老猫的兔子
4楼2012-09-21 15:52:38
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vigaryang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gmy1990: 金币+3 2012-09-22 10:46:24
落枫4161296: 金币+2, ★有帮助, 谢谢 2012-09-24 15:26:46
对于混合溶剂的氢键，如果用Gaussian算的话，如何构建溶质周围的溶剂化层（即如何确定水分子和异丙醇分子的个数和位置）将是一大问题。对于这种情况，不如使用分子动力学模拟进行计算，通过径向分布函数可以获得氢键作用的位点、个数、强度等信息。
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5楼2012-09-21 23:04:14
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落枫4161296

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by vigaryang at 2012-09-21 23:04:14
对于混合溶剂的氢键，如果用Gaussian算的话，如何构建溶质周围的溶剂化层（即如何确定水分子和异丙醇分子的个数和位置）将是一大问题。对于这种情况，不如使用分子动力学模拟进行计算，通过径向分布函数可以获得氢键 ...

用高斯可以计算分子动力学模拟吗，关键字是什么呀，高斯刚学没多久，所以很多不懂，谢谢。
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6楼2012-09-24 14:02:56
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫

【答案】应助回帖

高斯可以做BOMD，无论是基于力场还是基于半经验或是从头算都能做。不过对你的问题来说使用不甚方便。用gromacs、tinker之类来跑比较适合，这几个分子都有现成的合适的力场参数。之后从得到的动力学轨迹中截出一批帧，并且只保留酪氨酸，而邻近的水和异丙醇只保留一个或数个。然后在隐式溶剂模型下经过优化后，可用来考察酪氨酸与水和异丙醇构成的氢键。这实际上是杂化溶剂模型（临近的溶剂显式表达，而较远的作为平均场处理），在很多文献中都有使用。
虽然直接根据动力学轨迹上做RDF也可以在一定程度上考察氢键，但没法在量子力学级别上考察溶剂溶质之间氢键的典型微观结构。
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7楼2012-09-24 15:39:10
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vigaryang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by 落枫4161296 at 2012-09-24 14:02:56
用高斯可以计算分子动力学模拟吗，关键字是什么呀，高斯刚学没多久，所以很多不懂，谢谢。...

高斯无法用于分子动力学模拟计算。常用的分子动力学模拟软件有Gromacs, M.  Dynamix等。
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8楼2012-09-24 15:39:45
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