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落枫4161296

铁虫 (小有名气)

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[求助] 氨基酸和混合溶剂形成的氢键问题

用高斯计算，是计算溶剂模型还是溶剂效应
酪氨酸（还有色氨酸）和水以及异丙醇的混合溶剂形成的氢键怎么算，我要看酪氨酸和混合溶剂形成的氢键。还有酪氨酸和单个溶剂形成的氢键又怎么算

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氢键

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1楼2012-09-20 16:34:29

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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫

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【答案】应助回帖

高斯可以做BOMD，无论是基于力场还是基于半经验或是从头算都能做。不过对你的问题来说使用不甚方便。用gromacs、tinker之类来跑比较适合，这几个分子都有现成的合适的力场参数。之后从得到的动力学轨迹中截出一批帧，并且只保留酪氨酸，而邻近的水和异丙醇只保留一个或数个。然后在隐式溶剂模型下经过优化后，可用来考察酪氨酸与水和异丙醇构成的氢键。这实际上是杂化溶剂模型（临近的溶剂显式表达，而较远的作为平均场处理），在很多文献中都有使用。
虽然直接根据动力学轨迹上做RDF也可以在一定程度上考察氢键，但没法在量子力学级别上考察溶剂溶质之间氢键的典型微观结构。