24小时热门版块排行榜    

查看: 1124  |  回复: 3

wanglang1987

铜虫 (小有名气)

[求助] 计算各链rmsd

gromacs中整体的rmsd好计算,怎么样可以计算各个链的rmsd,比如蛋白质有两条链,怎么样计算各个的rmsd值?
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Gromacs MDs-Gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

滴答
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dolphin100

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-04-15 13:56:07
对各个链进行定义子集ndx文件,在用g_rmsd 分析即可
Constanteffortscanyieldsuresuccess!
2楼2013-04-15 12:08:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wanglang1987

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dolphin100 at 2013-04-15 12:08:05
对各个链进行定义子集ndx文件,在用g_rmsd 分析即可

怎么样定义子集ndx文件,求具体教程?教教我?
滴答
3楼2013-04-15 12:22:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dolphin100

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-04-16 14:05:13
GMX 手册里有这一命令
make_ndx_mpi -f xxx.gro -o xxx.ndx
Constanteffortscanyieldsuresuccess!
4楼2013-04-16 09:13:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wanglang1987 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-30 17:25 by hZiFeudZyoGR
[基金申请] 面上意见出来了 +9 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 18/900 2026-08-30 16:47 by 黄鸟于飞Chao
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 5/250 2026-08-30 14:03 by GkCVyODlx4mR
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 4/200 2026-08-30 13:54 by GkCVyODlx4mR
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +6 德尚中行 2026-08-27 7/350 2026-08-30 12:53 by Bxndjjd
[基金申请] 国社科又开始会评了,不知道这次命运如何 +3 雨打竹帘 2026-08-30 4/200 2026-08-30 12:35 by 白大多亮
[博后之家] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +8 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 9/450 2026-08-30 11:40 by l0VvVHGBGRLv
[考博] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 6/300 2026-08-30 11:10 by l0VvVHGBGRLv
[基金申请] 29号明天会评吗 +3 笨笨唐 2026-08-28 3/150 2026-08-30 09:29 by cww8181
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[论文投稿] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 4/200 2026-08-30 07:39 by ZPa0EcMwuECS
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 4/200 2026-08-30 07:28 by ZPa0EcMwuECS
[考博] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-30 07:05 by ZPa0EcMwuECS
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 4/200 2026-08-30 06:57 by ZPa0EcMwuECS
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 4/200 2026-08-30 01:45 by ZPa0EcMwuECS
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
信息提示
请填处理意见