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wanglang1987

铜虫 (小有名气)

[求助] 计算各链rmsd

gromacs中整体的rmsd好计算,怎么样可以计算各个链的rmsd,比如蛋白质有两条链,怎么样计算各个的rmsd值?
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dolphin100

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-04-15 13:56:07
对各个链进行定义子集ndx文件,在用g_rmsd 分析即可
Constanteffortscanyieldsuresuccess!
2楼2013-04-15 12:08:05
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wanglang1987

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dolphin100 at 2013-04-15 12:08:05
对各个链进行定义子集ndx文件,在用g_rmsd 分析即可

怎么样定义子集ndx文件,求具体教程?教教我?
滴答
3楼2013-04-15 12:22:29
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dolphin100

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-04-16 14:05:13
GMX 手册里有这一命令
make_ndx_mpi -f xxx.gro -o xxx.ndx
Constanteffortscanyieldsuresuccess!
4楼2013-04-16 09:13:42
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