24小时热门版块排行榜    

查看: 964  |  回复: 3

wanglang1987

铜虫 (小有名气)

[求助] 计算各链rmsd

gromacs中整体的rmsd好计算,怎么样可以计算各个链的rmsd,比如蛋白质有两条链,怎么样计算各个的rmsd值?
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Gromacs MDs-Gromacs

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

滴答
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dolphin100

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-04-15 13:56:07
对各个链进行定义子集ndx文件,在用g_rmsd 分析即可
Constanteffortscanyieldsuresuccess!
2楼2013-04-15 12:08:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wanglang1987

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by dolphin100 at 2013-04-15 12:08:05
对各个链进行定义子集ndx文件,在用g_rmsd 分析即可

怎么样定义子集ndx文件,求具体教程?教教我?
滴答
3楼2013-04-15 12:22:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dolphin100

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


jiaoyixiong: 金币+1, 鼓励交流 2013-04-16 14:05:13
GMX 手册里有这一命令
make_ndx_mpi -f xxx.gro -o xxx.ndx
Constanteffortscanyieldsuresuccess!
4楼2013-04-16 09:13:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wanglang1987 的主题更新
信息提示
请填处理意见