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shixiaocn

铁虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 5
帖子: 7
在线: 24.3小时
虫号: 1406931
注册: 2011-09-18
专业: 电化学

[求助] ms粗粒化模型导入lammps

请问ms里构建的粗粒化模型能不能导入lammps？论坛里看的用msi2lmp导入的方法，我试了下好像只能导入全原子模型。不知道大家的粗粒化模型都是怎么建立的？

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1楼2013-04-07 22:58:37

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chaizhm

木虫 (著名写手)

模拟EPI: 2
应助: 123 (高中生)
贵宾: 0.25
金币: 4743.6
散金: 139
红花: 13
帖子: 1407
在线: 265.9小时
虫号: 1253209
注册: 2011-04-02
性别: GG
专业: 半导体材料

【答案】应助回帖

粗粒化模型中每个球状的物体可能不是一个单独的原子，有可能是一个基团

以前本科做布朗动力学模拟dna，就是把dna离散成一段一段的，每一段用一个球代替

lammps是做分子模拟的，是原子的运动，我不知道有没有合适的力场来模拟基团之间的受力，你可以看看manul

壁立万仞，无欲则刚

3楼2013-04-11 17:19:17

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ddll_slsl

木虫 (正式写手)

应助: 101 (高中生)
金币: 2939.2
红花: 6
帖子: 670
在线: 255.3小时
虫号: 2121784
注册: 2012-11-12
专业: 动力学与控制

【答案】应助回帖

★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-04-11 17:15:39

粗粒化模型? coarse grain? 如果是，那个同分子模拟是两个概念，势场也都不一样，当然不能。

2楼2013-04-11 10:35:41

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