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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 请教如何将下载下来的蛋白中的小分子配体删掉？
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高興丶

铁虫 (初入文坛)

[求助] 请教如何将下载下来的蛋白中的小分子配体删掉？

因为要进行对接 从网上下载了几个大分子蛋白进行对接 由于里面都有小分子配体 需要把他抽提删掉。请问该怎么做呢？目前在用sybyl ，autodock这两个软件，不太会用 请教一下。谢谢各位！
另外导师说这几个酶里的小分子配体都与其形成了共价键 有什么办法把他删掉呢 ？ 具体怎么操作呢？

[ Last edited by 高興丶 on 2013-4-7 at 14:15 ]
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1楼 2013-04-07 13:09:48
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高興丶

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
10楼: Originally posted by xuxm03 at 2013-04-08 22:24:50
都很麻烦，直接终端下运行
grep -E '^ATOM|^END' protein.pdb > apoprotein.pdb...

另外 我这个小分子与氨基酸成共价键了 删除小分子之后发现成健的地方 没有办法补上氢 。这个有影响么？
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12楼2013-04-09 11:58:37
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
下载安装个pymol软件，选中小分子删除即可。。。。
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2楼2013-04-07 16:46:41
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
在mgltools中，展开大分子的氨基酸序列，找到非氨基酸系列的标号，选中，然后在编辑中选择删除选中的原子就行。或者像2楼说的用pymol。输入命令，remove solvent 移除溶剂，remove organic 移除小分子。
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3楼2013-04-07 16:55:19
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wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
更简单的方法是，用word打开，看见不是你蛋白的东西  删了 保存了 就OK啦
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4楼2013-04-07 18:01:16
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