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lmcyjxs

金虫 (正式写手)

[交流] 引物酶切位点问题 已有6人参与

大家好,我要做克隆表达,但是设计的引物没有加酶切位点,做TA克隆的话会不会比较麻烦?有没有比较好的方法改进啊?一般克隆载体大家用什么载体啊?还有表达载体大家又用什么呢?
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思路决定出路。。。
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dulei

木虫 (小有名气)


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引用回帖:
14楼: Originally posted by 紫藤玲珑 at 2013-04-08 20:37:05
你好,我设计的引物本来评分还可以。
可是加上酶切位点后,形成发卡结构、二聚体
我看好多文章都在引物上设计酶切位点,再连到T载体,为什么啊?
我可以不在引物上设计酶切位点,使用T载体上的酶切位点吗?...

只要不加酶切位点时上下游引物的长度和GC含量差不多就可以。最好不要有错配,尤其是3‘端。发卡结构和二聚体影响不大(看看ΔG值,绝对值不要太大,一般10以下都能接受)。

加上酶切位点后,可以不考虑错配、发卡结构以及二聚体(根据经验,ΔG值的绝对值不会很高)。只要考虑引物长度和GC含量,以为这两个因素影响TM值。

在引物上设计酶切位点再往T载体上连那是因为T载体上没有想要的酶切位点,或者他们想测序看看PCR的片段是不是正确的。

完全可以不设计酶切位点,直接连到T载体上,用T载体上的酶切位点。

如果你后续还要连到其他载体(比如做表达),那我建议不要往T载体上连,你可以在引物上设计酶切位点并设计保护碱基,这样PCR后,可以直接酶切往相应载体上连。省时省力省钱。不用非得往T载体上连,做一次TA克隆比较贵,往T载体上连一般都是为了测序。
15楼2013-04-09 11:22:49
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dulei

木虫 (小有名气)


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myprayer: MolEPI+1, 鼓励应助,分子生物版块,期待你的精彩。 2013-04-01 22:33:45
myprayer: 2013-04-01 22:34:37
连接到一般的TA载体就行。你看看后来要用什么酶切位点,找一个带有所需酶切位点的TA载体。
你可用全式金的TA载体。pEASY-T1或pEASY-T3都行,上边有很多酶切位点,看看适合不适合下游操作。
2楼2013-04-01 15:13:14
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dulei

木虫 (小有名气)

表达载体的话,在大肠杆菌里表达用pET系列的载体。宿主菌用BL21(DE3)。
3楼2013-04-01 15:14:44
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yuguiyan

至尊木虫 (文坛精英)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
加上酶切位点就OK了
4楼2013-04-01 22:02:29
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