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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 细菌基因组
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xzx018

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 细菌基因组

有没有做细菌基因组测序的虫子，想问下现在用454和illumina测草图的价格差别好像蛮大的，测出来的数据会不会差别蛮大的？不知道测出来之后对后续分析影响有多大，对后面想发的文章影响有多大啊，谢谢大家
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1楼 2013-03-29 10:17:37
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nanhu1984

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
454测序效果比较好，因为读长比较长（400-600bp），而illumina读长一般只有100bp左右。如果只考虑测序发文章，不考虑SNP的话，可以考虑选择illumina。测个草图不做任何分析的话，价格在5000上下。（有兴趣可以看看http://www.microbialgenomic.com/）
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57楼2013-08-02 23:49:05
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sunjiankc

铁虫 (初入文坛)
★ ★ ★
xzx018(金币+2): 谢谢参与
laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励交流！ 2013-03-30 10:31:52
Illumina测序片段短，错率高。只有后续分析，这种项目一般都是公司给出报告，发文章的话主要还是看你的菌是否够吸引人。比如从人体大脑中分出一个菌的话估计怎么测都能发NSC。。。。
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5楼2013-03-29 11:22:14
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foolmonkey

新虫 (知名作家)
★
xzx018(金币+2): 谢谢参与
太深奥，坐等高人。
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6楼2013-03-29 15:15:19
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lcat

木虫 (小有名气)
★
xzx018(金币+2): 谢谢参与
其实两种方法都可以的。一般来说，454的覆盖率低，但拼接出来的片段较长。Illumina覆盖率高，但可能gap多一些。据我所知细菌基因组（仅以基因组分析作为主要内容）发文章的话一般需要完成图，需要自己手工补gap。

其实有个简单的办法，楼主分别跟推荐这两种方法的公司沟通一下这些顾虑，听听他们怎么鄙视另外一种方法的，自己掂量掂量就行啦
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10楼2013-03-29 15:28:52
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