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xzx018

铁杆木虫 (著名写手)

应助: 24 (小学生)
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帖子: 1835
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虫号: 1058108

[交流] 细菌基因组

有没有做细菌基因组测序的虫子，想问下现在用454和illumina测草图的价格差别好像蛮大的，测出来的数据会不会差别蛮大的？不知道测出来之后对后续分析影响有多大，对后面想发的文章影响有多大啊，谢谢大家

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1楼 2013-03-29 10:17:37

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lcat

木虫 (小有名气)

应助: 65 (初中生)
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虫号: 184666

★
xzx018(金币+2): 谢谢参与

其实两种方法都可以的。一般来说，454的覆盖率低，但拼接出来的片段较长。Illumina覆盖率高，但可能gap多一些。据我所知细菌基因组（仅以基因组分析作为主要内容）发文章的话一般需要完成图，需要自己手工补gap。

其实有个简单的办法，楼主分别跟推荐这两种方法的公司沟通一下这些顾虑，听听他们怎么鄙视另外一种方法的，自己掂量掂量就行啦