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xzx018

铁杆木虫 (著名写手)


[交流] 细菌基因组

有没有做细菌基因组测序的虫子,想问下现在用454和illumina测草图的价格差别好像蛮大的,测出来的数据会不会差别蛮大的?不知道测出来之后对后续分析影响有多大,对后面想发的文章影响有多大啊,谢谢大家
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sunjiankc

铁虫 (初入文坛)


★ ★ ★
xzx018(金币+2): 谢谢参与
laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励交流! 2013-03-30 10:31:52
Illumina测序片段短,错率高。只有后续分析,这种项目一般都是公司给出报告,发文章的话主要还是看你的菌是否够吸引人。比如从人体大脑中分出一个菌的话估计怎么测都能发NSC。。。。
5楼2013-03-29 11:22:14
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foolmonkey

新虫 (知名作家)



xzx018(金币+2): 谢谢参与
太深奥,坐等高人。
6楼2013-03-29 15:15:19
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lcat

木虫 (小有名气)



xzx018(金币+2): 谢谢参与
其实两种方法都可以的。一般来说,454的覆盖率低,但拼接出来的片段较长。Illumina覆盖率高,但可能gap多一些。据我所知细菌基因组(仅以基因组分析作为主要内容)发文章的话一般需要完成图,需要自己手工补gap。

其实有个简单的办法,楼主分别跟推荐这两种方法的公司沟通一下这些顾虑,听听他们怎么鄙视另外一种方法的,自己掂量掂量就行啦
10楼2013-03-29 15:28:52
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