24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 2133  |  回复: 0

jianana

铁虫 (初入文坛)

[交流] gromacs -atomtype not found

大家好,我现在要在oplsaa.ff力场中添加一个新的原子类型,  首先我在atomtypes.atp中添加             opls_966   55.847    ; FE in ferrocene   其次在ffbonded.itp中添加
                  [ bondtypes ]
               ; i    j  func       b0          kb

                FE    CA      1    0.20600      190.0   ; keep iron between cps
                 [ angletypes ]
            ;  i    j    k  func       th0       cth

         CA     FE     CA      1    40.4      627.6000  ; in ferrocene
  第三:在ffnonbonded.itp中添加
      opls_966   FE     26 55.847      +0.10        A    3.11         2.016


  第四:在新的残基中加入FE相关参数,
但是我在运行 grompp -f em -c ferrocene_b4em -p ferrocene -o ferrocene_em时,出现如下错误:
                      Atomtype opls_966 not found   这是什么原因呢?求大家帮助!
回复此楼
心有多大,就能飞多远
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

智能机器人

Robot (super robot)

我们都爱小木虫

找到一些相关的精华帖子,希望有用哦~

科研从小木虫开始,人人为我,我为人人
相关版块跳转 我要订阅楼主 jianana 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 349求调剂 +5 杰斯塔里斯 2026-03-21 5/250 2026-03-27 00:31 by wxiongid
[考研] 材料学硕333求调剂 +7 北道巷 2026-03-24 7/350 2026-03-27 00:30 by wxiongid
[考研] 349求调剂 +4 李木子啊哈哈 2026-03-25 4/200 2026-03-26 22:49 by fmesaito
[考研] 07化学280分求调剂 +8 722865 2026-03-23 8/400 2026-03-26 20:00 by 不吃魚的貓
[考研] 340求调剂 +3 Amber00 2026-03-26 3/150 2026-03-26 18:57 by 不吃魚的貓
[考研] 一志愿211 初试270分 求调剂 +6 谷雨上岸 2026-03-23 7/350 2026-03-26 18:55 by 不吃魚的貓
[考研] 一志愿北京化工大学材料与化工(085600)296求调剂 +9 稻妻小编 2026-03-26 9/450 2026-03-26 16:16 by 不吃魚的貓
[考研] 281求调剂 +6 Koxui 2026-03-24 7/350 2026-03-26 15:37 by 无际的草原
[考研] 调剂310 +3 温柔的晚安 2026-03-25 4/200 2026-03-25 23:16 by peike
[考研] 材料与化工304求B区调剂 +3 邱gl 2026-03-25 3/150 2026-03-25 19:03 by Ainin_
[考研] 生物技术与工程 +3 1294608413 2026-03-25 4/200 2026-03-25 18:02 by 1294608413
[考研] 282求调剂 +3 wcq131415 2026-03-24 3/150 2026-03-25 12:16 by userper
[考研] 材料学求调剂 +6 Stella_Yao 2026-03-20 6/300 2026-03-25 00:37 by baoball
[考研] 300求调剂,材料科学英一数二 +5 leaflight 2026-03-24 5/250 2026-03-24 16:25 by laoshidan
[考研] 307求调剂 +3 余意卿 2026-03-21 6/300 2026-03-24 15:03 by 余意卿
[考研] 276求调剂。有半年电池和半年高分子实习经历 +9 材料学257求调剂 2026-03-23 10/500 2026-03-24 07:36 by wangy0907
[考研] 环境学硕288求调剂 +8 皮皮皮123456 2026-03-22 8/400 2026-03-23 23:47 by 热情沙漠
[考研] 336求调剂 +4 收到VS 2026-03-20 4/200 2026-03-23 19:02 by macy2011
[考研] 085601调剂 358分 +3 zzzzggh 2026-03-20 4/200 2026-03-21 10:21 by luoyongfeng
[考研] 求调剂 +3 @taotao 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:35 by JourneyLucky
信息提示
请填处理意见