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GC-MS数据前处理问题
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本人新接触GC-MS/MS菜鸟一枚，想做中药指纹鉴别实验，但是苦于不会实验数据处理，有以下几个问题（怎么做数据前处理）： 1、怎么转化为NetCDF格式？ 2、peak detection and peak alignment怎么做？ 3、接下来怎么就是三维的了？ 4、 最后的标准化怎么做？ 希望某位大神能解答小弟的问题，不胜感激！！！ 原文献：Raw GC–MS data were converted into CDF format (NetCDF) files by Xcalibur (Thermo Fisher Scientific Inc.,Waltham, MA,USA). Automatic peak detection and peak alignment were performed by the XCMS software (version 1.6.1) based on Rprogramversion2.6.1 (R-Foundation for statistical computing,www.Rproject.org). The parameters of XCMS were used for the following: xcmsSet (fwhm= 7.5, max =300, snthresh= 2), group (bw= 10, max= 300). The resulting three-dimensional data table, consisted of arbitrary peak index (RT-m/z pair), sample names (observations), and peak area (variables) was listed into a .txt file, and then normalization was carried out in Microsoft Excel prior to multivariate analyses. |
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