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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 各位大神~有没有办法可以计算离某个平面或者某条线一定距离的原子数目? 急求啊~
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lingogo

金虫 (小有名气)

[求助] 各位大神~有没有办法可以计算离某个平面或者某条线一定距离的原子数目? 急求啊~

我用的是amber ,做的是蛋白质在碳纳米管表面上的吸附,想算一下距离表面5埃的原子数目,有没有什么好的方法?
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1楼 2013-03-12 17:18:20
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lingogo: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-03-13 10:20:40
引用回帖:
4楼: Originally posted by lingogo at 2013-03-13 09:05:26
请问这个距离是从纳米管中心开始计算的还是从表面计算的?...

表面开始计算；

why not try ？
VMD can show you the molecular you chose
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6楼2013-03-13 09:32:28
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zx2456

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-13 08:42:54
lingogo: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-03-13 09:00:15
没用过这个软件，但是你是否可以输出原子坐标？只要可以就好办了啊，放在matlab 中编个程序就ＯＫ了
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2楼2013-03-12 19:48:14
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lingogo: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-03-13 09:09:31
很简单，VMD 即可：
把你的轨迹文件导入到VMD
假设你的碳纳米管的 残基名是 tub
使用命令：

set sel [atomselect top "within 5 of resname tub"]
set number [$sel num]
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3楼2013-03-13 08:46:23
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lingogo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-13 08:46:23
很简单，VMD 即可：
把你的轨迹文件导入到VMD
假设你的碳纳米管的 残基名是 tub
使用命令：

set sel
set number

请问这个距离是从纳米管中心开始计算的还是从表面计算的?
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4楼2013-03-13 09:05:26
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