应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 各位大神~有没有办法可以计算离某个平面或者某条线一定距离的原子数目? 急求啊~
81/1返回列表
查看: 920  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lingogo

金虫 (小有名气)

[求助] 各位大神~有没有办法可以计算离某个平面或者某条线一定距离的原子数目? 急求啊~

我用的是amber ,做的是蛋白质在碳纳米管表面上的吸附,想算一下距离表面5埃的原子数目,有没有什么好的方法?
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

amber

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2013-03-12 17:18:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zx2456

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-13 08:42:54
lingogo: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-03-13 09:00:15
没用过这个软件，但是你是否可以输出原子坐标？只要可以就好办了啊，放在matlab 中编个程序就ＯＫ了
赞一下 回复此楼
2楼2013-03-12 19:48:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lingogo: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-03-13 09:09:31
很简单，VMD 即可：
把你的轨迹文件导入到VMD
假设你的碳纳米管的 残基名是 tub
使用命令：

set sel [atomselect top "within 5 of resname tub"]
set number [$sel num]
赞一下 回复此楼
3楼2013-03-13 08:46:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lingogo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-13 08:46:23
很简单，VMD 即可：
把你的轨迹文件导入到VMD
假设你的碳纳米管的 残基名是 tub
使用命令：

set sel
set number

请问这个距离是从纳米管中心开始计算的还是从表面计算的?
赞一下 回复此楼
4楼2013-03-13 09:05:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lingogo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zx2456 at 2013-03-12 19:48:14
没用过这个软件，但是你是否可以输出原子坐标？只要可以就好办了啊，放在matlab 中编个程序就ＯＫ了

谢谢你的建议...matlab我不会用，我去请教高手看看~~
赞一下 回复此楼
5楼2013-03-13 09:08:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lingogo: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-03-13 10:20:40
引用回帖:
4楼: Originally posted by lingogo at 2013-03-13 09:05:26
请问这个距离是从纳米管中心开始计算的还是从表面计算的?...

表面开始计算；

why not try ？
VMD can show you the molecular you chose
赞一下 回复此楼
6楼2013-03-13 09:32:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lingogo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-13 09:32:28
表面开始计算；

why not try ？
VMD can show you the molecular you chose...

thankyou~thankyou~问题解决了~
赞一下 回复此楼
7楼2013-03-13 10:20:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by lingogo at 2013-03-13 10:20:33
thankyou~thankyou~问题解决了~...

congratulation
回复此楼
8楼2013-03-13 10:21:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lingogo 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 某top大学教授说“能够在市场中兑现的能力才是真能力”无比同意！ +3 zju2000 2026-09-26 3/150 2026-09-27 16:26 by lala1008
[硕博家园] 上海工程技术大学 激光智能制造课题组 2027级博士研究生招生 +5 oxidpl 2026-09-20 7/350 2026-09-27 10:43 by Equinoxhua
[博后之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 ViqFlLSxHDGt 2026-09-26 3/150 2026-09-27 10:42 by 4IW0sJvtEqX8
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 ViqFlLSxHDGt 2026-09-26 3/150 2026-09-27 10:15 by 4IW0sJvtEqX8
[考博] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 ViqFlLSxHDGt 2026-09-26 3/150 2026-09-27 10:03 by 4IW0sJvtEqX8
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 oeyPlfmMUpOC 2026-09-26 3/150 2026-09-27 09:13 by 4IW0sJvtEqX8
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 GxESXJmptOtQ 2026-09-25 4/200 2026-09-27 06:44 by XgCC8uTcwILl
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 GxESXJmptOtQ 2026-09-25 4/200 2026-09-27 06:42 by XgCC8uTcwILl
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 GxESXJmptOtQ 2026-09-25 4/200 2026-09-27 06:39 by XgCC8uTcwILl
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 GxESXJmptOtQ 2026-09-25 3/150 2026-09-27 06:32 by XgCC8uTcwILl
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 3/150 2026-09-27 06:08 by XgCC8uTcwILl
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 3/150 2026-09-27 06:05 by XgCC8uTcwILl
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 3/150 2026-09-27 05:56 by XgCC8uTcwILl
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 5/250 2026-09-27 05:53 by XgCC8uTcwILl
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 5/250 2026-09-27 05:44 by XgCC8uTcwILl
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 4/200 2026-09-27 05:44 by XgCC8uTcwILl
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 vQZoDrrm7mUF 2026-09-25 3/150 2026-09-27 05:44 by XgCC8uTcwILl
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 PGTSwSC3F6nQ 2026-09-24 5/250 2026-09-25 11:19 by yhq9807
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 PGTSwSC3F6nQ 2026-09-24 7/350 2026-09-25 11:18 by yhq9807
[教师之家] 课题组招2027级博士 上海工程技术大学 激光智能制造方向 +4 oxidpl 2026-09-20 6/300 2026-09-24 20:37 by oxidpl
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭