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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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lingogo

金虫 (小有名气)

[求助] 各位大神~有没有办法可以计算离某个平面或者某条线一定距离的原子数目? 急求啊~

我用的是amber ,做的是蛋白质在碳纳米管表面上的吸附,想算一下距离表面5埃的原子数目,有没有什么好的方法?
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
lingogo: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-03-13 09:09:31
很简单,VMD 即可:
把你的轨迹文件导入到VMD
假设你的碳纳米管的 残基名是 tub
使用命令:

set sel [atomselect top "within 5 of resname tub"]
set number [$sel num]
3楼2013-03-13 08:46:23
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查看全部 8 个回答

zx2456

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-13 08:42:54
lingogo: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-03-13 09:00:15
没用过这个软件,但是你是否可以输出原子坐标?只要可以就好办了啊,放在matlab 中编个程序就OK了
2楼2013-03-12 19:48:14
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lingogo

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-13 08:46:23
很简单,VMD 即可:
把你的轨迹文件导入到VMD
假设你的碳纳米管的 残基名是 tub
使用命令:

set sel
set number

请问这个距离是从纳米管中心开始计算的还是从表面计算的?
4楼2013-03-13 09:05:26
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lingogo

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zx2456 at 2013-03-12 19:48:14
没用过这个软件,但是你是否可以输出原子坐标?只要可以就好办了啊,放在matlab 中编个程序就OK了

谢谢你的建议...matlab我不会用,我去请教高手看看~~
5楼2013-03-13 09:08:16
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