应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 各位大神~有没有办法可以计算离某个平面或者某条线一定距离的原子数目? 急求啊~
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
81/1返回列表
查看: 748  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lingogo

金虫 (小有名气)

[求助] 各位大神~有没有办法可以计算离某个平面或者某条线一定距离的原子数目? 急求啊~

我用的是amber ,做的是蛋白质在碳纳米管表面上的吸附,想算一下距离表面5埃的原子数目,有没有什么好的方法?
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

amber

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2013-03-12 17:18:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zx2456

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-03-13 08:42:54
lingogo: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-03-13 09:00:15
没用过这个软件，但是你是否可以输出原子坐标？只要可以就好办了啊，放在matlab 中编个程序就ＯＫ了
赞一下 回复此楼
2楼2013-03-12 19:48:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lingogo: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-03-13 09:09:31
很简单，VMD 即可：
把你的轨迹文件导入到VMD
假设你的碳纳米管的 残基名是 tub
使用命令：

set sel [atomselect top "within 5 of resname tub"]
set number [$sel num]
赞一下 回复此楼
3楼2013-03-13 08:46:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lingogo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-13 08:46:23
很简单，VMD 即可：
把你的轨迹文件导入到VMD
假设你的碳纳米管的 残基名是 tub
使用命令：

set sel
set number

请问这个距离是从纳米管中心开始计算的还是从表面计算的?
赞一下 回复此楼
4楼2013-03-13 09:05:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lingogo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zx2456 at 2013-03-12 19:48:14
没用过这个软件，但是你是否可以输出原子坐标？只要可以就好办了啊，放在matlab 中编个程序就ＯＫ了

谢谢你的建议...matlab我不会用，我去请教高手看看~~
赞一下 回复此楼
5楼2013-03-13 09:08:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lingogo: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-03-13 10:20:40
引用回帖:
4楼: Originally posted by lingogo at 2013-03-13 09:05:26
请问这个距离是从纳米管中心开始计算的还是从表面计算的?...

表面开始计算；

why not try ？
VMD can show you the molecular you chose
赞一下 回复此楼
6楼2013-03-13 09:32:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lingogo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-03-13 09:32:28
表面开始计算；

why not try ？
VMD can show you the molecular you chose...

thankyou~thankyou~问题解决了~
赞一下 回复此楼
7楼2013-03-13 10:20:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by lingogo at 2013-03-13 10:20:33
thankyou~thankyou~问题解决了~...

congratulation
回复此楼
8楼2013-03-13 10:21:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lingogo 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0854求调剂 +4 assdll 2026-04-03 4/200 2026-04-04 22:17 by hemengdong
[考研] 材料科学与工程调剂 +19 深V宿舍吧 2026-03-30 20/1000 2026-04-04 22:13 by hemengdong
[考研] 工科求调剂 +12 11ggg 2026-04-03 12/600 2026-04-04 20:07 by 啊俊！
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358 +6 cs0106 2026-04-03 6/300 2026-04-04 11:20 by w_xuqing
[考研] 调剂0855-288 +5 x熊二a 2026-04-03 5/250 2026-04-04 00:19 by 猪会飞
[考研] 329求调剂，一志愿西北工业大学，材料工程（085601） +8 小小机灵虫 2026-03-29 14/700 2026-04-03 19:38 by lijunpoly
[考研] 生物学308分求调剂（一志愿华东师大） +7 相信必会光芒万� 2026-04-02 7/350 2026-04-03 16:48 by rzh123456
[考研] 一志愿生物与医药，296分，求调剂 +8 66鹿 2026-04-03 9/450 2026-04-03 14:22 by 化学化工硕士招�
[考研] 0703化学 +7 goldtt 2026-04-02 9/450 2026-04-03 09:36 by 蓝云思雨
[考研] 260求调剂 +3 朱芷琳 2026-04-02 3/150 2026-04-03 08:44 by yulian1987
[考博] 申博求助 +3 Reee1Llll 2026-04-01 3/150 2026-04-02 22:29 by 这是一个无聊的�
[考研] 一志愿复旦材料，英一专硕，总分357调剂 +4 1050389037 2026-04-02 5/250 2026-04-02 21:40 by dongzh2009
[考研] 一志愿北京科技大学085601材料工程英一数二初试总分335求调剂 +9 双马尾痞老板2 2026-04-01 9/450 2026-04-02 12:14 by oooqiao
[考研] 材料工程322分 +8 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-01 8/400 2026-04-02 11:53 by 3041
[考研] 一志愿346上海大学生物学 +3 上海大学346调剂 2026-04-01 3/150 2026-04-02 08:36 by w虫虫123
[考研] 一志愿北交大材料工程，总分358 +4 cs0106 2026-04-01 4/200 2026-04-02 07:42 by 尚水阁主
[考研] 求调剂0703 +5 周嘉尧 2026-03-31 8/400 2026-04-01 20:32 by ltltkkk
[考研] 285求调剂 +7 AZMK 2026-03-30 13/650 2026-04-01 17:00 by 七度不信任
[考研] 339求调剂 +5 zjjkt 2026-03-31 5/250 2026-04-01 09:18 by JourneyLucky
[考研] 269求调剂 +4 我想读研11 2026-03-31 4/200 2026-03-31 10:04 by cal0306
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭