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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化图形可视化软件 » 关于静电势的强弱问题？
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111222000

金虫 (正式写手)

[交流] 关于静电势的强弱问题？已有4人参与

请教各位，关于下面这个静电势的图形，可不可以说：正的静电势因为面积比例大，颜色深，所以要比负的静电势强度大？能不能根据颜色深浅判断强度大小？谢谢大家

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[ Last edited by 111222000 on 2013-3-7 at 17:42 ]
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1楼2013-03-07 17:41:07
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

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zhou2009: 金币+4 2013-03-10 14:17:54
引用回帖:
3楼: Originally posted by 111222000 at 2013-03-08 08:44:14
谢谢sobereva老师的指点，还想请教老师上图设置的标尺是-0.02~0.02，假设标尺刻度变成-0.002~0.002这个范围，用是什么意思呢？还能不能用颜色深浅、比例大小来判断？我还是对比例尺的作用有点困惑，，，再次感谢so ...

不对照色彩刻度就没法知道分子表面静电势图的各种颜色对应多大数值。
比如下面这张图

可见色彩刻度轴是从-40到48 (kcal/mol)，色彩渐变是：蓝-白-红。因此，在分子表面上，静电势为-40以及更负的区域对应的都是蓝色，较负的区域是淡蓝色（越负蓝色越深），较正的区域是淡红色（越正红色越深），>=48的区域都是红色。
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4楼2013-03-10 12:13:21
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

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10楼: Originally posted by 阡陌蔓 at 2013-04-23 14:19:18
老师，按照您的帖子做了个图，但是有几个问题：1.图上没有极值点的小圆点，2.用的是点，不是透明的膜，3.屏幕一边明亮一边暗。
又一次麻烦老师了！

360截图-102315265.jpg
...

显示的时候在representation里把点的大小改大一些，让他们相互交叠起来，看起来就是个面了。如果你用POVray渲染器再渲染一下可能会更好看。

Multiwfn可以把极值点的坐标导出到pdb文件里。将此pdb文件载入到VMD里，并用适当大小的圆球方式显示它们，就能看到分子表面上的极值点位置了。

Display菜单里把Depth Cueing关掉可以解决发暗的问题。

作图时还有许多细碎、灵活的技巧，需要自行尝试、摸索，才能让图像对于当前的体系最美观、清晰。
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11楼2013-04-23 18:56:58
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

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zhou2009: 金币+3 2013-04-22 07:35:21
可以判断，但是必须把色彩刻度标尺明确给出来，否则讨论颜色、深浅都没有意义。
如果要上升到定量程度的讨论、给出更确切的数据，建议用定量分子表面分析的方法，如我之前给你回复的。
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2楼2013-03-08 01:20:34
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111222000

金虫 (正式写手)
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zhou2009: 金币+2 2013-03-10 14:17:33
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2楼: Originally posted by sobereva at 2013-03-08 01:20:34
可以判断，但是必须把色彩刻度标尺明确给出来，否则讨论颜色、深浅都没有意义。
如果要上升到定量程度的讨论、给出更确切的数据，建议用定量分子表面分析的方法，如我之前给你回复的。

谢谢sobereva老师的指点，还想请教老师上图设置的标尺是-0.02~0.02，假设标尺刻度变成-0.002~0.002这个范围，用是什么意思呢？还能不能用颜色深浅、比例大小来判断？我还是对比例尺的作用有点困惑，，，再次感谢sobereva老师的热心指点。
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3楼2013-03-08 08:44:14
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111222000

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sobereva at 2013-03-10 12:13:21
不对照色彩刻度就没法知道分子表面静电势图的各种颜色对应多大数值。
比如下面这张图

可见色彩刻度轴是从-40到48 (kcal/mol)，色彩渐变是：蓝-白-红。因此，在分子表面上，静电势为-40以及更负的区域对应 ...

再次诚挚的感谢sobereva老师的详细讲解，对静电势标尺的意义彻底搞明白了，谢谢
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5楼2013-03-10 14:27:52
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111222000

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sobereva at 2013-03-10 12:13:21
不对照色彩刻度就没法知道分子表面静电势图的各种颜色对应多大数值。
比如下面这张图

可见色彩刻度轴是从-40到48 (kcal/mol)，色彩渐变是：蓝-白-红。因此，在分子表面上，静电势为-40以及更负的区域对应 ...



[ Last edited by 111222000 on 2013-3-10 at 16:27 ]
6楼2013-03-10 16:25:48
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阡陌蔓

木虫 (正式写手)
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4楼: Originally posted by sobereva at 2013-03-10 12:13:21
不对照色彩刻度就没法知道分子表面静电势图的各种颜色对应多大数值。
比如下面这张图

可见色彩刻度轴是从-40到48 (kcal/mol)，色彩渐变是：蓝-白-红。因此，在分子表面上，静电势为-40以及更负的区域对应 ...

麻烦问下老师，您这个图是用multiwfn做的吗？运算中遇到问题，给你发了邮件，静候~~~
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7楼2013-04-21 21:55:38
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sobereva

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zhou2009: 金币+2 2013-04-23 14:58:00
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7楼: Originally posted by 阡陌蔓 at 2013-04-21 21:55:38
麻烦问下老师，您这个图是用multiwfn做的吗？运算中遇到问题，给你发了邮件，静候~~~...

图是用Multiwfn的静电势分子表面定量分析得到的数据在VMD里作的图，并经过ps将数值标上去
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阡陌蔓
8楼2013-04-22 01:54:13
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阡陌蔓

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8楼: Originally posted by sobereva at 2013-04-22 01:54:13
图是用Multiwfn的静电势分子表面定量分析得到的数据在VMD里作的图，并经过ps将数值标上去...

明白了老师，我的文件算了一夜也出来了，继续探索，谢谢老师无私奉献！
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9楼2013-04-22 10:09:20
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阡陌蔓

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4楼: Originally posted by sobereva at 2013-03-10 12:13:21
不对照色彩刻度就没法知道分子表面静电势图的各种颜色对应多大数值。
比如下面这张图

可见色彩刻度轴是从-40到48 (kcal/mol)，色彩渐变是：蓝-白-红。因此，在分子表面上，静电势为-40以及更负的区域对应 ...

老师，按照您的帖子做了个图，但是有几个问题：1.图上没有极值点的小圆点，2.用的是点，不是透明的膜，3.屏幕一边明亮一边暗。
又一次麻烦老师了！

360截图-102315265.jpg
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厚重的品德，优雅的生活，唯美的爱情，一生追逐！
10楼2013-04-23 14:19:18
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