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qishiyy

银虫 (小有名气)

[求助] gromacs4.5.5安装出错 configure: error: cannot compute sizeof (off_t)

configure: error: cannot compute sizeof (off_t)
See `config.log' for more details.
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qishiyy

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by spirte雷 at 2013-03-07 12:57:37
论坛里有“Gromacs 4.5.5安装记录”,可以去看看,也许能帮助到你

我是按照这个记录安装的,
4楼2013-03-07 16:48:20
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查看全部 4 个回答

spirte雷

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
论坛里有“[资源]Gromacs 4.5.5安装记录”,可以去看看,也许能帮助到你
用心体验就好
2楼2013-03-07 12:57:37
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qishiyy

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by spirte雷 at 2013-03-07 12:57:37
论坛里有“Gromacs 4.5.5安装记录”,可以去看看,也许能帮助到你

gromacs安装流程

(1) 解压缩fftw,lam-mpi,gromacs源码
      tar -zxvf fftw-3.1.2.tar.gz
     tar –zxvf gromacs-3.3.1.tar.gz
     tar -zxvf lam-7.1.3.tar.gz

(2) 编译lam-mpi
      cd lam-7.1.3 ./configure --prefix=/home/lam-7.1.3 --without-fc --with-rsh="ssh-x"   
      make
     make install
     注:--without-fc是不编译mpif77,可以去掉

(3) 添加mpi环境变量
       export PATH=$PATH:/home/lam-7.1.3/bin ( append to .bashrc)

(4) 编译fftw单双精度版
      cd fftw-3.1.2
     ./configure --enable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2
     make
     make install
     make distclean
     ./configure --disable-float --enable-mpi --prefix=/home/fftw-3.1.2  

(3) 设置fftw环境变量
      export CPPFLAGS=-I/home/fftw-3.1.2/include
     export LDFLAGS=-L/home/fftw-3.1.2/lib

(4) 编译gromacs
      cd gromacs-3.3.1 ./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --enable-mpi
     make
     make install
     make distclean
     ./configure --prefix=/home/gromacs-3.3.1 --program-suffix=_d --enable-mpi --disable-float

(5) 设置gromacs环境变量
       export PATH=$PATH:/home/gromacs-3.3.1/bin ( append to .bashrc)
3楼2013-03-07 16:47:49
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