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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Sybyl遇到问题 新人真心请求帮助。
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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高興丶

铁虫 (初入文坛)

[求助] Sybyl遇到问题 新人真心请求帮助。

新人求助
刚接触sybyl-x软件 我用ChemDraw画的分子 存为mol格式，再利用DS打开另存为mol2格式。分子名字编辑为jmc19963a。用sybyl打开的时候出现
SYBYL> Reading mol file...
Reading molecule Unnamed
我一共画了35个分子都是按上述步骤转化为mol2格式的但是一建立数据库在导入分子的时候显示的全是unnamed 改过分子名字 怎么弄都是这样 而且还添加不进去。
想请教一下这是为什么啊。用sybyl自带的转换格式工具转过也是一样的。真的很闹心啊 请教导师 导师说他也不明白。。真是没招了 求各位大侠么帮助我一下吧。
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1楼 2013-02-26 13:37:42
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

xpyp

木虫 (小有名气)
用文本编辑器（如win系统中的记事本）打开各分子文件（*.mol2), 对其重新命名。
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2楼2013-02-27 00:46:08
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
高興丶: 金币+5, ★有帮助 2013-02-27 12:46:43
用Chemfinder做成数据库，里面有ID name一项，需要填写，不是大问题，不影响工作。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
3楼2013-02-27 07:41:24
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126406380

金虫 (著名写手)
教你一个简单的方式，用chemdraw画图，然后在chem3D打开，对其进行初步能量优化，然后保存的时候，其格式有mol2格式的，然后到sybyl中就可以打开。我一直这么用的
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成功是一种标志
9楼2013-03-01 08:51:28
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普通回帖

高興丶

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xpyp at 2013-02-27 00:46:08
用文本编辑器（如win系统中的记事本）打开各分子文件（*.mol2), 对其重新命名。

#   Created by UNITY Export Utility
#   User: Administrator
#   Creation Date: Tue Feb 26 12:44:57 2013


@MOLECULE
Unnamed
36 37 1
SMALL
No_CHARGES

@ATOM
1 N    2.4440   2.6800   0.0000 N.am 1 <1>
2 C    3.7880   1.2630   0.0000 C.3 1 <1>
3 C    3.5010   2.3360   0.0000 C.3 1 <1>
4 C    5.1160   3.7920   0.0000 C.3 1 <1>
5 O    6.8360   0.5530   0.0000 O.2 1 <1>
6 C    9.5460   1.9900   0.0000 C.3 1 <1>
7 C    8.5840   1.4340   0.0000 C.3 1 <1>
8 O    7.7980   2.2200   0.0000 O.3 1 <1>
9 C    6.8360   1.6650   0.0000 C.2 1 <1>
10 C    6.0500   2.4500   0.0000 C.2 1 <1>
11 C    4.9390   2.4500   0.0000 C.2 1 <1>
12 C    4.1540   3.2360   0.0000 C.3 1 <1>
13 O    3.0460   5.4170   0.0000 O.2 1 <1>
14 O    4.7960   4.9410   0.0000 O.2 1 <1>
15 S    3.5010   4.1360   0.0000 S.o2 1 <1>
16 H    2.1570   4.8650   0.0000 H 1 <1>
17 C    2.4440   3.7920   0.0000 C.3 1 <1>
18 O    0.3390   2.2280   0.0000 O.2 1 <1>
19 C    1.3330   2.6800   0.0000 C.2 1 <1>
20 C    1.3330   3.7920   0.0000 C.3 1 <1>
21 H    3.2080   1.1080   0.0000 H 1 <1>
22 H    3.9430   0.6830   0.0000 H 1 <1>
23 H    4.3680   1.4180   0.0000 H 1 <1>
24 H    4.0910   2.2270   0.0000 H 1 <1>
25 H    5.4160   3.2730   0.0000 H 1 <1>
26 H    5.6350   4.0920   0.0000 H 1 <1>
27 H    4.8160   4.3110   0.0000 H 1 <1>
28 H    9.8460   1.4710   0.0000 H 1 <1>
29 H   10.0650   2.2900   0.0000 H 1 <1>
30 H    9.2460   2.5090   0.0000 H 1 <1>
31 H    8.0160   1.2410   0.0000 H 1 <1>
32 H    9.0830   1.1010   0.0000 H 1 <1>
33 H    6.2790   3.0040   0.0000 H 1 <1>
34 H    4.7090   1.8960   0.0000 H 1 <1>
35 H    1.5630   4.3460   0.0000 H 1 <1>
36 H    0.7790   3.5620   0.0000 H 1 <1>
@BOND
   1   17   20    1
   2    1   17    1
   3   19    1   am
   4    3    1    1
   5   12    3    1
   6    3    2    1
   7   15   12    1
   8   12    4    1
   9   12   11    1
  10   11   10    2
  11   10    9    1
  12    9    5    2
  13    9    8    1
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  30    6   29    1
  31    6   30    1
  32    7   31    1
  33    7   32    1
  34   10   33    1
  35   11   34    1
  36   20   35    1
  37   20   36    1
@SUBSTRUCTURE
1 **** 1 TEMP  0  ****  ****  0  ROOT
@UNITY_ATOM_ATTR
12 1
AtomExpr s=I
17 1
AtomExpr s=N
@UNITY_BOND_ATTR
10 1
S I
是把unnamed改成我需要的名字么？
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4楼2013-02-27 08:10:31
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高興丶

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by tjegg at 2013-02-27 07:41:24
用Chemfinder做成数据库，里面有ID name一项，需要填写，不是大问题，不影响工作。

谢谢帮助 我新人不太会用Chenfinder，还是感谢了。
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5楼2013-02-27 08:11:04
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高興丶

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xpyp at 2013-02-27 00:46:08
用文本编辑器（如win系统中的记事本）打开各分子文件（*.mol2), 对其重新命名。

谢谢啦 搞定啦。真是太高兴了，整的也不好意思问老师 还在这憋屈不知道咋弄 真心感谢 也谢谢楼下这位！
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6楼2013-02-27 08:13:56
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高興丶

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xpyp at 2013-02-27 00:46:08
用文本编辑器（如win系统中的记事本）打开各分子文件（*.mol2), 对其重新命名。

怎么给你金币啊。 。。
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7楼2013-02-27 08:17:42
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xpyp

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 高興丶 at 2013-02-27 08:17:42
怎么给你金币啊。 。。...

不用了，小意思
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8楼2013-02-27 15:19:51
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骤雨荷

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 126406380 at 2013-03-01 08:51:28
教你一个简单的方式，用chemdraw画图，然后在chem3D打开，对其进行初步能量优化，然后保存的时候，其格式有mol2格式的，然后到sybyl中就可以打开。我一直这么用的

我想知道为什么我的chemoffice3D里面没有mol2这个个手机呀？

发自小木虫Android客户端
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10楼2018-05-27 13:44:28
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