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铜虫 (小有名气)

[交流] 关于SYBYL中硼原子该如何表达

最近碰到一个结构中有硼原子,想做一个3D-QSAR,但是,在SYBYL linux版中,硼原子并不能被识别,即使在SYBYL -X 中B被识别,但是也加不上电荷,于是找了几篇文献。发现,在3D-QSAR studies of boron-containing dipeptides as proteasome inhibitors with CoMFA and CoMSIA methods(发表于European Journal of Medicinal Chemistry,2009,第一作者Yong-Qiang Zhu)中的母核结构相一致,他的解决办法是将B原子替换为C.3原子,并给出文献依据,但是我对此表示不解。首先,用C.3替换B原子,在加氢时会多出一个氢原子。其次,分子手性也会产生相应变化。所以在这里还请大家一同探讨一下,遇到这种问题,大家是如何解决的。

分子图.JPG
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