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关于SYBYL中硼原子该如何表达
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最近碰到一个结构中有硼原子，想做一个3D-QSAR，但是，在SYBYL linux版中，硼原子并不能被识别，即使在SYBYL -X 中B被识别，但是也加不上电荷，于是找了几篇文献。发现，在3D-QSAR studies of boron-containing dipeptides as proteasome inhibitors with CoMFA and CoMSIA methods（发表于European Journal of Medicinal Chemistry，2009，第一作者Yong-Qiang Zhu）中的母核结构相一致，他的解决办法是将B原子替换为C.3原子，并给出文献依据，但是我对此表示不解。首先，用C.3替换B原子，在加氢时会多出一个氢原子。其次，分子手性也会产生相应变化。所以在这里还请大家一同探讨一下，遇到这种问题，大家是如何解决的。 分子图.JPG |
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